法律分析：丢失了农村宅基地证，可以去房屋管理部门申请补办。具体的补办流程如下：1、先登报声明将原《房屋所有权证》作废，登报后张贴公告征求异议;2、10日后如无异议由房主申请所属镇的规划建设管理站的工作人员到实地测量;3、房屋所有权人提供身份证、户口薄复印件、登记声明作废报纸原件、村委证明等相关材料;4、申请重新办理《房屋所有权证》。
法律依据：《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十一条 以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。
在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。
房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。
法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。