主要有以下几种区别：
1、课程范围不同
慕课课程范围是以连通主义理论和网络化学习的开放教育学为基础的。这些课程跟传统的大学课程一样循序渐进地让学生从初学者成长为高级人才。课程的范围不仅覆盖了广泛的科技学科，比如数学、统计、计算机科学、自然科学和工程学，也包括了社会科学和人文学科。
选修课是为介绍先进科学技术和最新科学成果；有些选修课是为扩大学生知识面（如中国语言文学专业的学生选修通史，化学专业的学生选修生物学，会计专业的学生选修法学概论等）；还有些选修课是为满足学生的兴趣爱好，发展他们某一方面的才能(如专业的学生选修文学、音乐、绘画、戏剧等课程)。
2、授课形式不同
慕课课程不是搜集，而是一种将分布于世界各地的授课者和学习者通过某一个共同的话题或主题联系起来的方式方法。尽管这些课程通常对学习者并没有特别的要求，但是所有的慕课会以每周研讨话题这样的形式，提供一种大体的时间表，其余的课程结构也是最小的，通常会包括每周一次的讲授、研讨问题、以及阅读建议等等。
选修课分为限制性选修课与非限制性选修课。限制性选修课也称指定选修课，指学生须在某一学科门类的领域或一组课程中选修；如有的专业教学计划规定高年级学生须在某一专门组或选修组中选修若干门课程。所有选修课学生必须按时参加选修课的教学。
3、考核形式不同
慕课每门课都有频繁的小测验，有时还有期中和期末考试。考试通常由同学评分（比如一门课的每份试卷由同班的五位同学评分，最后分数为平均数）。一些学生成立了网上学习小组，或跟附近的同学组成面对面的学习小组。
选修课有学分考核制度，公共选修课一般要求的学分不高，在10个学分左右，部分学校有限制其中要含有几个学分的人文类和科技类课程。 专业选修课一般只有本专业的学生可以选，大多为专业课程，总学分要求在20分以上，是掌握专业知识的重要途径。 选修课的学分要求一般是毕业的硬性指标，在修满学分后才有毕业资格。