根据上述职责，自治区外事办公室设9个内设机构。
（一）秘书处。
综合协调和管理机关日常事务工作；负责文秘、机要、档案、信息、政务公开、内部刊物编印和网站工作；负责财务和国有资产管理。
（二）领事处。
负责外国驻邕领事机构、国际组织及其他官方、半官方机构有关事务的管理和交往；牵头负责与我驻外使领馆和外国驻华外交、领事机构的工作联系；处理领事业务；负责处理或协助处理全区重大涉外案件和涉外突发事件；接待公务来桂的外国驻华使领馆官员；协同有关部门对聘请外专外教单位资格认可事项提出意见，指导和协助各有关单位和学校对在桂外国专家、教师、留学生进行管理；协助我驻外使领馆做好广西籍公民的领事保护工作。
（三）出国管理处（行政审批办公室）。
负责因公电子护照的制作、颁发和系统管理；颁发往来港澳通行证及签注；办理领事认证以及申办外国签证（签注）；签发我区邀请外国人来访邀请函电和签证通知函电，办理外国人因公来华签证和居留登记手续；负责因公护照收缴管理工作；会同有关部门监督和检查因公出访团组外事纪律和涉外保密制度的执行情况；负责全区因公出访来访审核审批的归口管理工作；拟定计划并统筹协调自治区省级领导干部因公出访工作并承办相关报批手续；受理处级以下人员因公出国、赴港澳的审批以及厅级干部因公出国、赴港澳的审核报批事项；审核在我区举办国际性会议的报批事项；办理外国人来桂审批审核事项。
（四）东盟处。
负责我区与东盟各国的交流与合作的对外联络、协调和调研工作；拟订我区与东盟各国合作的工作建议和承办相关涉外工作事务；协调安排自治区领导与东盟各国交流合作的出访；接待东盟各国党宾国宾等重要来访团组；对我区同东盟各国在各个领域的交流与合作进行涉外政策的归口管理和指导；牵头拟订在我区举办与东盟有关国家交流与合作的重要多边、双边活动的外事及礼宾工作方案并组织实施；协助接待公务来桂的东盟各国驻华使领馆官员；负责联系东盟各国对华友好组织、社会团体和友好人士；协调我区与东盟各国建立友区（省、州、府）、友城之后的交流与合作。
（五）国际合作处。
负责我区与东盟以外国家的对外联络、协调和调研工作；拟订我区与东盟以外国家交流与合作的工作建议和承办相关涉外工作事务；协调安排自治区领导与东盟以外国家交流合作的出访；接待东盟以外国家党宾国宾等重要来访团组；对我区同东盟以外国家在各个领域的交流与合作进行涉外政策的归口管理和指导；拟订在我区举办与东盟以外国家的交流与合作的重要多边、双边活动的外事及礼宾工作方案并组织实施；协助接待公务来桂的东盟以外国家驻华使领馆官员；负责联系东盟以外国家对华友好组织、社会团体和友好人士；协调我区与东盟以外国家建立友区（省、州、府）、友城之后的交流与合作。
（六）边境工作处。
负责广西段中越陆地边界和北部湾海域边界的管理工作；负责组织实施中越陆地边界广西段联合检查工作；负责边界标志和边界通视道的维护工作；负责涉及边界工程的审核报批工作；会同有关部门处理陆地边界和海上边界的涉外事务；负责边境市、县政府涉及领土主权和中越关系的对外交往函件的审核和报批工作；指导边境市、县外办边界日常管理；协调我区同毗邻越南各省的交往，负责我区与越南广宁、谅山、高平、河江四省联合工作委员会广西方委员会的日常事务，组织边境省级会谈会晤及联谊活动；协助有关部门做好边界水资源的利用和保护工作；配合有关部门做好边境口岸开放升格和边民互市点开通、边境治安、边境贸易管理工作。
（七）新闻文化处。
对在广西境内活动的境外非政府组织和广西的民间组织参加涉外活动情况进行指导、管理和调研；对市、县上述方面的工作进行培训和指导；建立协调机制，协调处理境外非政府组织相关案件；负责接待、协调、指导和管理来桂采访的外国记者和港澳记者; 协助外宣部门做好外事活动中的对外宣传工作和拟定对外表态口径。
（八）港澳工作处。
拟订我区对港澳特区工作的计划和建议；承办我区同港澳特区政府的工作联络和磋商；承办我区同国务院港澳事务办公室和中央驻港澳机构、外交部驻港澳公署的工作联系；对我区各地各部门同港澳特区的交往进行政策归口管理和指导；负责处理或协助处理全区重大涉港澳事件；协助有关部门开展我区参与内地与港澳泛珠三角区域合作；承办涉台涉外有关事务。
（九）人事处。
负责组织人事、机构编制、社会保障、信访工作；负责机关离退休人员的管理；负责选派驻外使领馆干部、工勤人员工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
