日本人当然不是徐福带去3000多人的后代了，早在徐福来到日本这边之前，其实当地就有很多的原著居民。
在司马迁的《史记》当中有过明确的记载，当初秦始皇为了寻求长生不老之术，于是便派徐福带领着3000童男童女出海去寻找仙药，但是徐福带着这3000童男童女出走之后一去不复返。当然恐怕是福，自己也是知道的，这世间根本就不存在着所谓的长生不老之药，所以回去肯定也是意思干脆就带着这些童男童女们出走算了。在《义楚六帖》中也是明确的写了，日本国亦名倭国，东海中。秦时，徐福将五百童男五百童女止此国。也就是说徐福确确实实氏带着3000童男童女来到过日本的。
但是我们必须要搞清楚一点，爱就是日本其实是有两个比较重要的时期的，一个是绳纹时期，从公元前10000年到公元前300年，还有一个就是弥生时期，大概是从公元前300年到公元前250年。从这两个时期的时间段我们可以推断出，徐福大概是在弥生时期带着3000童男童女来到日本的，也就是说此时日本是有很多居民的。
当然了，此时的日本虽然有很多居民，但是这些居民没有文字，也不会农耕，正史因为有了徐福的到来，所以这些原著居民才能学习到农耕技术，医药技术，还有文字，所以当时的徐福等人在这些居民的眼中就相当于是”药神“还有“农神”一样，正是依靠着徐福等人，这些日本的土著居民才能快速的学习到先进的农业知识。所以如果从这一点来看，徐福带过去的这3000童男童女并不是日本的祖先。
这肯定是不可能的，现代基因检测早已明确了日本人的由来首先要明确一点，早在3.8万年前日本列岛就已经有人居住了，最早来到日本的居民叫绳文人。从1.2万年前开始创造绳文文化，而在6000多年前，有一支弥生人也来到日本，这两个族群构成了现代的日本人。至于徐福，他是否真的到达了日本现在都还没有肯定的论述。
经过现代基因分析，日本人的主要有两大支，一支是来自于西南海岛地区的绳文人，他们是通过朝鲜半岛到达日本的。另一支则是从东北亚地区进入日本的弥生人。根据DNA检测，今天的日本人是由绳文人和弥生人混合而成的，其中弥生人的基因稍占多数，也就是说有相当一部分日本人的祖先是来自于东亚大陆，他们可能和汉人有着共同的祖先。
从亚洲大陆前往日本，最近的路线是走朝鲜半岛，越过对马海峡进入日本，目前可以肯定，日本人与韩国人与韩国人有着极大地血缘关系。今天日本人的Y染色体DNA中高比例的单倍型类群O-M176及一定比例的单倍型类群C-M130都和韩国人具有极高的一致性，足以说明日本人和韩国人之间的血缘紧密性。然而这个基因在汉族人里并不常见，通过基因坚定，日本人和中国人之间更多的是文化交流而并非基因交流。
当然进入文明时代之后，也有许多中原人前往日本，日本称这些来自中原的汉人为渡来人。例如日本的《新撰姓氏录》中就曾记载，在西晋末年，前汉朝皇族后裔刘阿知为了避难，携全家移民日本。日本人今天称呼刘阿知为“阿知使主”，现代日本的许多姓氏都是来源于刘阿知。
像是《头文字D》中的高桥凉介，虽然他只是个漫画人物，但“高桥”这个姓氏就是起源于刘阿知。除此以外，日本战国时期著名的长宗我部家族就自称是秦始皇的后裔，据传长宗我部氏是秦始皇的第15世孙弓月君的后代。直到今天，日本依然有许多人姓秦。
（日本战国著名武将——长宗我部元亲）不过这些渡来人的数量是比较少的，不至于改变日本人口结构，但这些来自东亚大陆的渡来人却为日本带来了先进的文化。像是日本的和服就是由渡来人从江浙传入的，因为春秋战国时期江浙属于吴国，于是日本 就将汉人穿的衣服称之为“吴服”，直到明治维新之后才改称“和服”。
再说徐福东渡，至于他到底有没有到达日本，这个事情现在还没有确切的证据，关于徐福到达日本的传闻最早出现在北宋，当时中国对日本已经比较了解，知道在东海以东有一个岛国，于是就将徐福东渡的事情与日本联系了起来。徐福是一个齐国江湖术士，但我感觉他就是个江湖骗子，此人最早见于司马迁的《史记》，但是在《史记》徐福却有两个名字，在《史记▪秦始皇本纪》称作“徐巿”，而在《史记▪淮南衡山列传》中却被叫做“徐福”，后世多称之为徐福。
秦始皇在统一天下后，徐福求见始皇帝，他告诉秦始皇在蓬莱有不老仙丹，如今可以肯定的说，他在忽悠秦始皇。不过当时古一帝一直梦想着长生不老，于是便资助他出海，结果徐福第一次出海归来时一无所获，当然，找不到仙丹是正常的，找到仙丹才不正常。面对秦始皇的质询，徐福诡辩有大鱼阻挡去路，于是秦始皇派遣大船和射手出海猎杀大鱼，于是徐福硬着头皮第二次出海。
第二次出海后徐福没有再回来，因为他回不来了，秦始皇又不是傻子，你三番两次的无功而返，岂不就是在戏弄皇帝！徐福若再敢回来，脑袋肯定是没有了。徐福第二次出海后必然要寻找陆地，《史记》上说他找到了“平原广泽”，至于“平原广泽”是哪？这个至今还有争论。而由于此次徐福是一去不回，司马迁是如何知道徐福到达“平原广泽”的？这个也不清楚。
但假如徐福找到陆地，他最有可能看到的陆地并不是日本列岛，而是朝鲜半岛。因为徐福是从山东出发的，而山东半岛正冲着朝鲜半岛，如果徐福直直的向东行驶，最大的概率是达到今天的韩国，而去往日本列岛需要绕个弯。
（图中蓝色的路线是假设徐福东渡的路线）总的来说，从基因角度上早已证实了日本人的来源，日本人和中国人真的没有多少血缘关系，只是由于文化上的原因，中日两国都在宣传徐福，但至于徐福离开大秦后到底去哪了？现在谁也不知道。