学院的目标定位：学院的总体发展目标是省内一流，部分学科方向在国内领先、在国际上又有一定的影响，总体达到省内先进水平。
学院的办学指导思想是：以质量为根本，以措施为保证，以需求为动力，通过加强学科建设、师资队伍建设和教学条件建设，促进教学质量的提高，保证厚基础、宽专业、强能力、高素质的人才培养模式得以实现。
学院的类型定位：在教学方面以培养技术应用型高级专门人才和创新型人才(研究生教育占四分之一强)为主，在科研方面以技术的应用研究和技术创新研究为主，努力把生物科学与工程学院办成教学研究型的学院。
学院的层次定位 ：保证本科层次的教学质量和人才培养规格，加快发展研究生教育，保质保量地为福建的地方经济建设输送优秀的专门人才。积极创造条件，争取在十一五期间二个重点学科专业都有博士点、新增三个硕士点。
学院的学科定位：以教学研究型学科作为我们的近期总体发展定位。近几年，我们将以进一步巩固与提高本科教育质量，加快发展研究生教育，作为自己的学科定位，在学科建设上，二个省级重点学科争取尽快达到省内一流水平，部分学科方向在国内领先、在国际上又有一定的影响，总体达到省内先进水平。
学院的服务面向定位：把学生作为我们办学的最终服务对象。一切为了学生、一切为了人才的培养，是我们办学工作的主旋律。面向福建省经济建设主战场，培养出更多的适合市场需要的专门人才，是我们义不容辞的责任。 --构建多元学习平台，激励学生自主创新
1、邀请国外专家来校讲学，让学生体验国际化教学
长期以来，该院与美国加州大学戴维斯分校（University of California, Davis）、英国女王大学（Queens University）、爱丁堡大学、阿尔斯特大学等国外知名大学建立了良好的交流互访关系，不仅派出多位教师到这几所学校进修深造，而且还邀请这些学校的专家到我院进行交流指导，并为研究生、本科生讲课，使我院学生有机会在自己的课堂真正体验国际化教学，大大开拓了视野，为培养国际型人才打下很好的基础。
2、丰富课外实践活动，提高学生动手能力
为鼓励学生尽早进入专业科研领域，接触学科前沿，了解学科发展动态，增强学生创新意识，培养学生创新和实践动手能力，我院积极组织学生申报SRTP项目，近三年已有95个项目得到立项资助，参加学生数超过300人，取得了很好的研究成果，产学研合作项目还让学生有机会到企业进行实习和研究，使学生提前进入预就业阶段。
另外，我院开展具专业特色的暑期社会实践活动，与省农业厅农产品加工推广总站联合开展一村一品 科技下乡服务活动，得到了众多新闻媒体的广泛关注和当地政府、企业的高度评价。
在平时，为丰富学生的课外实践活动我院还邀请专家为学生进行职业技能培训，如邀请国家级评酒师为学生进行酒的品评的培训，请食品安全专家进行食品安全内审员培训等。2006年以我院为依托成立福州大学食品俱乐部，俱乐部开展丰富多彩的知识讲座和创新竞赛活动，吸引了院内外的许多同学参加。
3、组织各种创新竞赛，激励学生自主创新
在积极组织科研训练的同时，我院积极鼓励学生参加由中国食品科学技术学会和国际知名食品企业和协会等组织的各种大学生食品创新大赛，如：丹尼斯克最佳创新奖、夏天的方便面和美国大杏仁等创新设计大赛，均取得了优异的成绩。通过创新竞赛，不仅培养学生自主创新和实践动手能力，而且还加强合作交流和团队协作精神的培养，提高学生的综合素质。
