刚买来或者是戴久了的水晶都比较容易吸引负性能量，所以水晶净化是非常必要的，水晶的净化俗称为消磁.目的是恢复水晶原来的磁场。正确使用方法如下：
1.水晶怕碱性物质，所以一定不要在洗澡的时候佩戴，因为肥皂是碱性的，容易腐蚀紫水晶。
2.贴皮肤佩带，接受汗液、化妆品、微酸、弱碱侵入，易使表面丧失光泽，应定期用清水清洗，擦拭干净。
3.如果经济实力允许的话，可以买一个水晶蔟或者水晶洞，将紫水晶分开放在里面，这样不但起到了净化的效果，而且是最好的保养水晶的方法。利用品簇、晶洞释放之正磁场清除水晶的负能量，让它重新充电，放置时间约一晚左右即可。
4.紫水晶可用海盐，也就是粗盐，用干净无污染的水去泡一晚，隔天再用干净的水冲干净，此法对于有金属或绳子的水晶来说，要少用，因为盐会侵蚀金属或绳子。干净的水可以选用一般的矿泉水或RO逆渗透或蒸馏水都可以。
5.将紫水晶埋入土中，利用干净不会有污水流过的泥土，埋入约3-10天，因为土壤是具有生育的强力能力，而可以夺取毒素，并吹入巨大的能量;如果担心脏掉，可用植物纤维的布料予以包扎，再埋入土里。
6.生病或情绪不佳时，会传递不佳的频率在水晶上，如果可以，最好暂时不戴水晶，当情绪好转或身体健康时赶快把水晶净化，免得较多的负能量与身体有过久的共振.