扫描电镜的性能参数主要包括放大倍数和分辨率，以及特有的景深和作用体积。放大倍数，M，定义为荧光屏上最大扫描距离与电子束在试样上最大扫描距离的比例，即M = l/L，其中l是荧光屏长度，L是电子束在试样上的扫描范围。这个比例可通过调整扫描线圈电流来调节。
景深扫描电镜具有较大的景深，使成像更具立体感，特别适合粗糙表面样品的观察和分析。其分辨率则是衡量其性能的重要指标，理想情况下，二次电子像的分辨率等于电子束斑的直径。SEM的场深，即聚焦区域的厚度，通常为几纳米，使得它能够进行纳米级样品的三维成像。
作用体积涉及电子束与样品的交互深度。不同类型的信号对应的作用体积厚度不同：
- 欧革电子：0.5至2纳米。
- 次级电子：5λ，对导体，λ约为1纳米；对绝缘体，λ则为10纳米。
- 背散射电子：比次级电子深10倍。
- 特征X射线：在微米级别。
- X射线连续谱：略大于特征X射线，同样在微米级别。
扫描电镜一种新型的电子光学仪器。它具有制样简单、放大倍数可调范围宽、图像的分辨率高、景深大等特点。数十年来，扫描电镜已广泛地应用在生物学、医学、冶金学等学科的领域中，促进了各有关学科的发展。