微波治疗仪应用机理基于科学实验，表明其在多种组织中产生的热效应和非热效应，能够改变人体组织的理化反应特性，进而产生临床治疗效果。微波理疗通过集中照射病变组织部位，使其被人体软组织吸收。高频电磁场的微波能穿透人体组织，引起一系列生物学作用，如局部组织温度上升，促进血液循环、增强新陈代谢、提高免疫功能和改善局部营养，加速伤口部位新鲜肉芽组织生长，提高组织再生能力。
在伤口愈合治疗中，微波治疗能加速伤口部位的新鲜肉芽组织生长，降低感染率，缓解疼痛和促进水肿液吸收。微波对微生物细菌有杀伤作用，适用于外伤伤口愈合治疗。其特点是高频率局部辐射，可在较低功率下达到治疗效果。微波对人体组织的热效应效率高、穿透力强，作用可达深层组织，促进血液循环、水中吸收和新肉芽生长，无需特殊体位，操作简便，患者感觉舒适。
微波治疗仪适用范围广泛，治疗多种疾病，具有消炎、活血、止痛之功效，无需去除衣物即可治疗，即使在尴尬部位也能有效治疗。微波在脂肪与肌肉产生的热比例接近1，热效应均匀，即使在较深部位肌肉层仍有显著热效应，可达到较好疗效。微波多功能治疗仪利用其生物组织的热效应，对病变组织进行多种治疗，如止血、凝固、灼除、消炎、消肿、止痛和改善局部组织血液循环，达到治疗疾病的作用。
微波是指频率从300MHZ到GHZ范围内的电磁波，在21世纪30年代，医务工作者发现了微波的生物效应。在临床上，微波与生物体的相互作用可以分为两大类，即微波致热效应和非微波致热效应。微波治疗仪所采用的微波热疗是一种非接触加热方式，不存在因电接触造成的热灼伤和电灼伤的可能。由于各项技术的日臻完善，使得微波治疗无需麻醉，可在门诊完成，具有简便、安全的特点。