在种植红薯的过程中，不可避免地会发生一些疾病，如果不及时预防，红薯的产量将会严重下降。甘薯黑斑病是甘薯检疫性病害，俗称黑疤、皮疖、膏药病等。病菌通过土壤、薯窖、未充分分解的积肥、种薯和薯苗传播，侵入甘薯伤口。病菌能在土壤中存活33个月，患病的马铃薯被人畜食用后，又苦又毒。甘薯幼苗感染黑斑病后，开始在基部产生纺锤形褐斑，逐渐发展成椭圆形黑斑病和凹痕，使幼颈全黑，使病苗种植后难以成活。对于病情严重的幼苗，种植后1~2周叶片变黄，从基部脱落，直至全株死亡。块根遭受黑斑病，以圆形、微凹黑斑为主，逐渐扩展发育至马铃薯内部深处，沿内部维管束蔓延，失去可食性。
选择抗病品种和无病苗。贮坑熏蒸和种薯处理。贮藏窖在35~38℃下加热三昼夜，然后迅速冷却至10~14℃，或在窖内用掺有硫磺的锯末点燃熏蒸。种薯上炕后1~2天，升温至30~32℃促进伤口愈合，3~5天，升温至35~37℃使甘薯产生丙酮，抑制黑斑孢子的萌发，促进芽眼的张开。种薯可以用80% 402抗菌剂和1500倍水浸泡10分钟。对于收获或购买的幼苗，在种植前，切掉基部有不定根的白色部分，留在绿茎以上的部分，然后用500倍水的50%托布津可湿性粉剂浸泡3分钟，浸泡苗高6~7厘米，浸泡后即可扦插。甘薯线虫病是我国甘薯的重点检疫对象，俗称麸心病、空心病、麸梆子等。是我国甘薯地区的主要病害。
薯块感染后外观呈深灰色，有时纵向开裂或开裂。解剖学上，薯肉变成了黑白糠或黑色海绵，薯肉被完全破坏，失去了可食用性。甘薯线虫其实是一种微小的害虫，只有在放大镜下才能看到。该虫体长约1毫米，卵的繁殖力极强，可在土壤中存活2年9个月。在干马铃薯上存活一年会损害许多作物，如马铃薯、花生、豌豆、芸豆、大豆、小麦、蓖麻等。选择抗病品种和无病苗。在引进过程中严格检疫，控制疾病传播。甘薯和谷类作物轮作应进行4年以上，不应选择4年内有线虫史的地块。清理场地，清除病残等线虫携带者。收获后清理农村，消灭越冬蛹。在幼虫发育高峰期，对新卷叶幼虫应及时进行人工捏杀，或集中清除害虫卷叶并杀死。
红薯蛾比斜纹夜蛾大，两者都以幼虫吃树叶、叶柄和幼茎。甘薯的潜叶虫潜入叶片中吃叶肉，受伤的叶片上出现弯曲的隧道。防治红薯蛾时，要结合冬耕挑蛹，用物理方法诱捕杀死成虫。防治斜纹夜蛾时，可在成虫高峰期摘除寄主卵块，用物理方法诱杀成虫。控制甘薯潜叶蝇时，应注意及时清沟排水，降低田间湿度。甘薯病害还是比较少见的，主要是防止页面上的害虫和土壤中的害虫。不要用太多肥料，小心适得其反。
- 甘薯黑斑病 ：选用抗病品种、无病秧苗 ，贮藏窖熏蒸、种薯处理。贮藏窖先加温 35～38℃三昼夜，然后快速降温到10～14℃，或在窖内利用锯末掺硫磺点燃熏蒸甘薯茎线虫病 ：选用抗病良种、无病种苗。引种过程中严格检疫，控制病害传播甘薯根腐病 ：首先要选用抗病品种 ，其次要培育壮苗，加强田间管理，以及深翻、轮作、清洁田园、早栽插，建立三无苗田等措施。