纳税人购进货物或销售货物以及生产经营过程中支付的运输费用，可以凭取得的合规抵扣凭证抵扣进项税额。
进项税额是指纳税人购进货物、应税劳务、服务、无形资产及不动产支付或实际负担的增值税税额，纳税人购进运输服务，取得合规抵扣凭证(增值税专用发票)，可以凭票面上的税额抵扣增值税。
实务中，纳税人购进运输服务，主要分为以下几种情况，企业购进原材料等过程中，由于采购方不负责运输费用，而由本企业实际承担的运输费用(第三方运输公司将运输发票开给本企业);企业对外销售货物，与第三方运输企业签订送货到门的运输费用;生产经营过程中，比如半成品、产成品等不同仓库之间运输，与第三方运输企业签订的运输服务协议;本企业员工出差期间购进的国内旅客运输服务。
与第三方运输公司签订货物运输服务协议，凭取得的增值税专用发票，抵扣增值税，运输服务适用税率为9%，若第三方运输企业为小规模纳税人，适用3%征收率。
需要注意以下情况的运输费用不得抵扣增值税进项税额:1购进运输服务用于免税项目、简易计税项目、集体福利以及个人消费的;2非正常损失的购进货物对应的交通运输服务;3非正产损失的在产品、产成品对应的运输服务，4非正常损失的不动产、在建工程所耗用的运输服务;5国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品对应的运输费用。
对于企业购进国内旅客运输服务，增值税抵扣凭证包括增值税专用发票，增值税电子普通发票，注明旅客身份信息的航空电子客票行程单、注明旅客身份信息的铁路车票、注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票。
增值税专用发票和增值税电子普通发票凭发票上的税额抵扣增值税，取得注明 旅客身份信息的航空电子客票行程单、铁路车票、公路、水路等其他客票需要计算可以抵扣的进项税额。
航空旅客运输进项税额=(票价+燃油费)÷(1+9%)×9%
铁路旅客运输进项税额=票面金额÷(1+9%)×9%
公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷(1+3%)×3%