（一）胚胎因素：主要是染色体的问题
如果染色体异常的话也会导致胚胎不发育而致早期流产。染色体异常包括数量和结构异常，数量上的异常可分为非整倍体和多倍体，最常见的异常核型为三倍体，而16三体又占1/3，常有致死性。21三体中有25~67%，13三体中有4一50%，18三体中有6~33%必然流产。其他有单倍体，四倍体因卵裂异常致胚胎不发育。结构异常有缺失，平衡易位、倒置、重叠等。
平衡易位是最常见的染色体异常。
卵子老化是大龄姐妹头号杀手，因年纪增大出现的染色体变异--在女性35岁以上显得更为常见。在40岁以后，这一变异的倾向更加厉害几乎达到 85%变异。一般女性年龄大于35岁，卵子老化，易发生染色体不分离，导致染色体异常；精液异常，如大头畸形的精子多数为二倍体，受精后形成多倍体胚胎导致流产。
检查方法：出现胎停或流产，检查留出物中胚胎有染色体变异，但夫妻双方遗传基因染色体检查均正常，主要就怀疑为卵子老化出现的染色体变异。一般染色体变异的卵子受精以后，不能发育成胚胎，或走不到第五六天。但也有部分患者生化或者胎停/流产，主要看这个不正常的胚胎走得多远。男方年纪大也可能出现精子染色体变异导致女方流产的，但主要原因还是女性卵子老化。
（二）宫腔环境因素：子宫内膜和内分泌
胚胎着床及继续发育依赖于复杂的内分泌系统彼此协调，任何一个环节失常，都可致流产。胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是人绒毛膜促性腺激素，作为母体来讲，自身的内源性激素不足，就满足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流产。
其中最常见的是黄体功能不全，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或早期妊娠流产。黄体功能不全者常伴有其他腺体功能异常，如甲状腺功能亢进或减退、糖尿病、雄激素相对增多症及高泌乳素血症等，这些因素均不利于胚胎发育，与流产密切相关。
（三）免疫因素
妊娠宫内的胚胎或胎儿实属同种异体移植，因为胎儿是父母的遗传物质的结合体和母体不可能完全相同。母--胎间的免疫不适应而引起母体对胎儿的排斥。常见的自身免疫疾病为系统性红斑狼疮、硬皮病、混合性结缔组织病、皮肌炎等。其二是生殖免疫的问题，如果我们自身带某种抗体，就有可能影响胚胎的发育。
（四）不良环境的影响
如有毒化学物质、放射线、高温等也可引起胚胎染色体异常。所以建议计划怀孕和已怀孕的家庭，不要住新装修的房子，也暂时不要买新家具、新车等产品，以免接触不良因素，导致不孕或流产。
已经做完囊胚移植手术和即将做移植手术的女性，一定要保持一个开朗、积极向上的心态。女性如果过度的焦虑或过度地神经紧张，会打乱女性的内分泌，最终可能会导致流产的发生。另外，患者如果能在至关重要的48小时内做到美国专家交代的注意事项，想要囊胚能顺利着床是完全没有问题的。
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