早在氏族公社时代，每一个氏族就有自己崇拜的神灵，这也是古埃及多神崇拜的基础。这些神灵以自然界的动物居多，比如鹰、狮、公牛、鳄鱼、蛇、朱鹭甚至甲虫。这些神灵多达一千余种，天上飞的，地上跑的，水里游的，草丛里蹦的，几乎古埃及人见到的所有活物都被当作神灵来崇拜了。
崇拜万物也从一个侧面反映出古埃及人在自然面前，感受到的自身的渺小。
这些神灵有的是一种部落的代表和象征，比如以捕鱼为主业的部落选择朱鹭作为自己的崇拜对象是再自然不过的了。而另外一些动物，则因为具有超出人类的力量而被崇拜，崇尚武力的部落自然而然地选择狮子之类的猛兽作为自己的崇拜对象。而弱小的部落渴望被保护，也会选择一些有独特技能的动物做自己的保护神。这些神灵甚至被画上旗帜，开始代表整个部落的形象。
五花八门的神灵崇拜随着土地的整合而整合。在国家的形成过程中一个部落被另外一个部落吞并，部落消亡，他们崇拜的神灵也随着下岗。
但并不是所有被吞并的部落所崇拜的神灵都要下岗，有一些神灵作为地区神灵有着根深蒂固的基础，只是他们在神灵的队伍中不再占据主流地位。
两强相争勇者胜，最善战的部落得到了国家的控制权。那个时候的国王把鹰神荷鲁斯作为自己的保护神。研究原始文明的学者近年来提得最多的一个词汇是图腾，古埃及的鹰神其实也是一种图腾崇拜。
万物生长靠太阳，崇拜太阳神是最正确的选择。也许对太阳神的崇拜我们可以作很多很多的注解，比如崇拜太阳象征着人类生命声声不息的轮回，或者说对光明的渴望。不管什么样的注解都无法表达我们对太阳的依恋。所以不管鹰神如何卓尔不群，统辖大地，太阳神还是取代鹰神做了古埃及的主神。不仅如此，古埃及人还给太阳神取了好几个名字。他们认为早、中、晚间属于不同的太阳神在当班，这些太阳神的形态和名字也不尽相同。在早晨的时候呈圣甲虫的形状，叫“凯普利(Khperi)”。中午的时候则是隼头人身，头顶着太阳圆盘和眼镜蛇这个时候人们叫他“拉(Re)”。晚上的太阳神呈现人形，头上有上下埃及的两顶王冠，这个时候的太阳神被称为“阿图姆(Atum)”。古王国末期的主神就是拉神。到了中王朝定都底比斯，底比斯的主神阿蒙谋朝篡位，坐了古埃及的主神宝座。虽然后来埃赫那吞极力弹劾，但最终没能罢免掉他。
有一点需要特别说明的是，随着历史的发展，神的队伍也在发生着变化，一些神可能会渐渐地退出历史舞台，而另外一些神走上来。同时他们中的一些神的身份也在发生着变化。比如哈比神，在古王朝时期被认为是尼罗河神，而到了新王朝时期却成了保护木乃伊的神灵。