1、外观的区别
黑枸杞是野生的，颗粒小，是偏圆形的黑色果实，带有一个小的果柄，含糖量很小，直接嚼食只有一点点甜味，红枸杞是扁长形的红色果实，而且一般没有果柄，含糖量大，直接嚼食口感甘甜。
2、吃法的区别
黑枸杞因其含有丰富的花青素，因此对温度有一定要求，泡水要用60度以下的温水或者是冷水冲泡，而且不能长时间进行熬汤、煮粥用，而且黑枸杞泡水在不用的水中会呈现不同的颜色，在酸性水中是呈紫色的，在碱性水中是蓝色系的；红枸杞不怕高温，其可以直接嚼食、泡水、泡酒、熬汤等。
3、功效的区别
黑枸杞主要有事很有很高的花青素，具有抗氧化的功效，主要有抗衰老和美白的作用，红枸杞主要含有多糖、胡萝卜素、维生素、氨基酸以及锌、铁、钙等微量元素，其功效主要有养肝明目、补肾益精、消除疲劳、抗肿瘤等，是任何人均可长期服用的滋补性好的药食同源的食材。
4.价格产地的区别
枸杞的市场价格在1公斤15到30元之间，但是黑枸杞价格高的价格在100到500之间的。黑枸杞主要生长在草原地区，枸杞全国各地几乎都有生长.
黑枸杞，属于茄科枸杞属。黑果枸杞味甘、性平，富含蛋白质、枸杞多糖、氨基酸、维生素、矿物质、微量元素等多种营养成分。还含有丰富的黑果色素——天然原花青素（红果枸杞不含），其opc含量超过蓝莓，是迄今为止，发现opc含量最高的天然野生植物。
红枸杞，是茄目茄科枸杞属的植物，果实称枸杞子，嫩叶称枸杞头，常见种类为枸杞，主要的药用种类为宁夏枸杞。枸杞子服用方便，可入药、嚼服、泡酒。但外邪实热，脾虚有湿及泄泻者忌服。
《本草纲目》中说“久服坚筋骨，轻身不老，耐寒暑。”中医常用它来治疗肝肾阴亏、腰膝酸软、头晕、健忘、目眩、目昏多泪、消渴、遗精等病症。现代药理学研究证实枸杞子可调节机体免疫功能、能有效抑制肿瘤生长和细胞突变、具有延缓衰老、抗脂肪肝、调节血脂和血糖、促进造血功能等方面的作用。