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一、补充医疗保险费的计提和缴纳与基本医疗保险的会计处理是相同的。只是按照税法规定，超过5%的部分不得在税前扣除，故在期末计算应交所得税时应作为应纳税所得额的调减项目在”利润总额“的基础上加上这笔数。
二、有关会计处理
1、计提补充医疗保险费时，按照职工服务的受益对象计入有关成本费用账户，并确认负债。
借：生产成本、制造费用、管理费用、销售费用等
贷：应付职工薪酬——补充医疗保险
2、向有关部门缴纳时
借：应付职工薪酬——补充医疗保险
贷：银行存款
3、税法规定，自2008年1月1日起，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
因此，期末补充医疗保险超过5%规定部分只需要调整应纳税所得额，不需另作会计分录。
应纳税所得额=期末利润总额+补充医疗保险超过5%部分