化学消毒剂包括酸类、碱类、重金属、氧化剂、酚类、醇类、卤素类、挥发性烷化剂等，它们各有特点，在生产中应根据具体情况加以选用，下面介绍几种养兔生产中常用的消毒剂。
（1）碱类
用于消毒的碱类制剂有苛性钠、苛性钾、石灰、草木灰、苏打等。碱类消毒剂的作用强度决定于碱溶液中OH-浓度，浓度越高，杀菌力越强。由于碱能腐蚀有机组织，操作时要注意不要用手接触，佩戴防护眼镜、手套和工作服，如不慎溅到皮肤上或眼里，应迅速用大量清水冲洗。
（2）氧化剂
氧化剂是使其他物质失去电子而自身得到电子，或供氧而使其他物质氧化的物质。氧化剂可通过氧化反应达到杀菌目的，常用的氧化剂类消毒剂有高锰酸钾、过氧乙酸等。
（3）卤素类
卤素和易放出卤素的化合物均具有强大的杀菌能力。卤素的化学性质很活泼，对菌体细胞原生质及其他某些物质有高度亲和力，易渗入细胞与原浆蛋白的氨基或其他基团相结合，或氧化其活性基团，而使有机体分解或丧失功能，呈现杀菌能力。在卤素中氟、氯的杀菌力最强，其次为溴和碘。
（4）酚类
酚类是以羟基取代苯环上的氢而生成的一类化合物，包括苯酚、煤酚、六氯酚等。酚类化合物的抗菌作用是通过它在细胞膜油水界面定位的表在性作用而损害细菌细胞膜，使胞浆物质损失和菌体溶解。酚类也是蛋白质变性剂，可使菌体蛋白质凝固而呈现杀菌作用。此外，酚类还能抑制细菌脱氢酶和氧化酶的活性，而呈现杀菌作用。酚类化合物的特点为：在适当浓度下，几乎对所有不产生芽孢的繁殖型细菌均有杀灭作用，但对病毒、细菌芽孢作用不强；对蛋白质的亲和力较小，它的抗菌活性不易受环境中有机物和细菌数目的影响，因此在生产中常用来消毒粪便及兔舍消毒池消毒之用；化学性质稳定，不会因贮存时间过久或遇热改变药效。它的缺点是，对细菌芽孢无效，对病毒作用较差，不易杀灭排泄物深层的病原体。酚类化合物常用肥皂作乳化剂配成皂溶液使用，可增强消毒活性。其原因是肥皂可增加酚类的溶解度，促进穿透力，而且由于酚类分子聚集在乳化剂表面可增加与细菌接触的机会。但是所加肥皂的比例不能太高，过高反而会降低活性，因为所产生的高浓度会减少药物在菌体上的吸附量。新配的乳剂消毒性最好，贮放一定时间后，消毒活性逐渐下降。
（5）挥发性烷化剂
挥发性烷化剂在常温常压下易挥发成气体，化学性质活泼，其烷基能取代细菌细胞的氨基、巯基、羟基和羧基的不稳定氢原子发生烷化作用，使细胞的蛋白质、酶、核酸等变性或功能改变而呈现杀菌作用。挥发性烷化剂有强大的杀菌作用，能杀死繁殖型细菌、霉菌、病毒和芽孢。而且与其他消毒药不同，对芽孢的杀灭效力与对繁殖型细菌相似，此外对寄生虫虫卵及卵囊也有毒杀作用，它们主要作为气体消毒，消毒那些不适于液体消毒的物品，如不能受热、不能受潮、多孔隙、易受溶质污染的物品。常用的挥发性烷化剂有甲醛和环氧乙烷，其次是戊二醛和β丙内酯。从杀菌力的强度来看，排列顺序为β丙内酯＞戊二醛＞甲醛＞环氧乙烷。
（6）季胺表面活性剂
季胺表面活性剂又称除污剂或清洁剂。这类药物能降低表面张力，改变两种液体之间的表面张力，有利于乳化除去油污，起清洁作用。此外，这类药物能吸附于细菌表面，改变细菌细胞膜的通透性，使菌体内的酶、辅酶从代谢产物中逸出，妨碍细菌的呼吸及糖酵解过程，并使菌体蛋白变性，因而呈现杀菌作用。这类消毒剂又分为阳离子表面活性剂、阴离子表面活性剂。常用的为阳离子表面活性剂，它们无腐蚀性、无色透明、无味，对皮肤无刺激性，是较好的去臭剂，并有明显的去污作用。它们不含酚类、卤素或重金属，稳定性高，相对无毒性。这类消毒剂抗菌谱广，显效快，能杀死多种革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌，对多种真菌和病毒也有作用。大部分季胺化合物不能在肥皂溶液中使用，需要消毒的表面要用水冲洗，以清除残留的肥皂或阴离子去污剂，然后再用季胺表面活性剂。