政府审计程序主要包括以下主要步骤：
1、项目和单位选择。审计工作首先需要选择被审计的项目和单位。这个过程通常是根据国家的需要、公众关注的焦点、政府部门的报告以及审计机构的风险评估来进行的。
2、审计组组成和解析。审计组是审计工作的具体执行者，负责审计工作的具体实施。在组成审计组时，需要考虑审计组成员的专业技能、工作经验、沟通能力等因素。
3、审计方案制定。审计工作的实施要制定自己的审计方案，制定符合被审计单位的审计计划，以方便实施审计任务，同时审计方案应该符合审计规范，体现公平、公正、合理的原则。
4、批准审计方案并调整实施方案。审计方案制定完毕后，需要由审计领导或负责人对其进行评价并批准，评价重要为审计的规范性和实施的可操作性。审计实施。在审计实施阶段，审计工作主要对被审计单位财务、经济、管理活动的内部控制、账务准确性和合规性进行审计。
5、审计底稿编制和复核。在审计过程中，审计人员需要对所有审计业务的工作底稿进行编制和复核。审计总结和报告编写。在完成所有审计工作后，需要对整个审计过程进行总结，编写审计报告。
政府审计的作用
1、维护国家经济安全。通过审计预防、揭示危害国家政治、经济和社会安全的隐患，及时查处被审计单位和被审计事项中存在的问题，打击经济领域的违法乱纪活动，使我国政治长治久安，经济可持续、健康、稳定地发展，社会安定团结。
2、监督和制约权力的运行。国家审计是对监督职能的再监督。而国家审计通过权力制约权力，曝光政府部门的违法违规行为，并将审计结果提交给纪检、监察、司法部门，通过审计整改对政府部门的违法违规行为进行及时的纠正。
3、它降低了监督主体和权力使用者的信息不对称程度，审计和纪检、监察、司法部门等监督部门共同铸就了合理的权力运行机制，有效地维护了国民经济的健康发展。
4、加快高效廉洁政府建设。近年来，政府绩效审计收到了越来越多的重视，国家审计通过绩效审计促使政府部门更加有效地使用公共资金，促进政府工作效率的提高。