第1个回答 推荐于2016-01-26
因为不同厂商的CPU的硬件指令不同，就算同一家厂商的CPU也会有不同的硬件指令，比如CPU架构不同，CPU可以执行的指令也会有所不同。
在硬件上，不单单只有CPU，比如硬盘，内存等，包括外部打印机、扫描仪等，对这些硬件的设备操作指令也不同，而且还有不同的厂商。
当程序员去编写程序的时候，某些情况下，既要了解硬件指令，又要去编写软件程序，（很早以前是这样的，当时还没有这么多设备，不过当时写程序也是非常累的事，效率相对也很低），那么操作系统由此诞生了，也是硬件的管理由操作系统来管理，程序员只需专心编写自己的软件程序即可了，大大提高了开发速度。至于底层工作就由操作系统来完成，比如你说的应用程序代码编译成CPU能够执行的指令，即机器码（有些语言还有中间码，实现跨平台，如Java、C#，然后再即时翻译成机器码）。当然操作系统还有很多工作要做，比如内存管理，I/O管理，CPU管理，也就是进程的管理，安全权限等等非常多的事。
至于各系统间的应用程序不能通用，也是因为在应用程序的编译上不同，驱动程序不同，系统编程接口不同，包括编程语言本身机制不同等等多种原因，为什么会不同，这跟厂商的利益也大有关系，不想被某一家一统天下，当然也有因为不同的环境、不同的要求，所以要解决这些问题要求也不能完全通用。
总之原因有相当多，等你学习之后，自然会慢慢明白的。
你的问题具体解答，可以考虑这么几门课程或相关书籍，“计算机原理，计算机体系结构，操作系统，汇编语言，C++或Java“ 如果针对不同的系统，你也可以看看windows 内核或Linux内核相关书籍，但这些书籍有些枯燥，特别刚开始时，可能也会觉得有难度，只要你肯用心，是能够征服的，一旦你能够熟练掌握，那么你的计算机知识将有质的飞跃。本回答被网友采纳