小规模纳税人有进项税，但对进项税的处理与一般纳税人有所不同。进项税是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产时支付或者负担的增值税额。
由于小规模纳税人不得抵扣进项税额，因此其进项税不能用于抵扣销项税。无论小规模纳税人购买商品或服务时支付了多少进项税，这部分税款都不能从其应缴纳的增值税中扣除。小规模纳税人的应纳税额是根据销售额和征收率直接计算得出的，与进项税额无关。
尽管小规模纳税人不能抵扣进项税，但仍需妥善保管与购进商品或服务相关的发票等凭证，以备税务部门查验。如果小规模纳税人的销售额超过规定标准或会计核算健全并能按规定报送税务资料，应及时向税务部门申请变更为一般纳税人，以享受进项税额抵扣等税收优惠政策。
进项税的范围
1、增值税专用发票的增值税额
这是进项税最常见的形式，当企业或个人从供应商处购买商品或服务时，如果能获得增值税专用发票，那么发票上注明的增值税额即可作为进项税额进行抵扣。
2、海关进口增值税专用缴款书的增值税额
对于企业从海外进口的商品或服务，海关会出具进口增值税专用缴款书，上面的增值税额也可以作为进项税额进行抵扣。
3、农产品收购或者销售发票进项税额
农业生产者销售自产农产品时，购买方可以按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和相应的扣除率计算进项税额。
4、代扣代缴税款完税凭证的增值税额
在某些情况下，如境外单位或个人在境内提供应税服务，且在境内未设有经营机构的情况下，扣缴义务人需要代扣代缴增值税。此时在代扣代缴税款完税凭证上的增值税额也可以作为进项税额进行抵扣。
5、通行费发票的增值税额
企业支付的过桥过路费等通行费用，如果能取得合规的通行费发票，那么发票上注明的增值税额也可以作为进项税额进行抵扣。
最后，现在火车票、飞机票等旅客运输服务的进项税额也有了新的抵扣规范。具体要求包括票面必须显示单位名称及其“统一社会信用代码”，且无需另外打印，开票后将直接交付到对应单位的税务数字账户。