GMP车间目前常用的消毒方式有：甲醛熏蒸消毒、含氯类消毒剂、臭氧消毒等。
甲醛熏蒸消毒：目前GMP环境消毒主要是采用甲醛熏蒸消毒+杀孢子剂方式进行。甲醛熏蒸的强毒性残留会长时间存在于洁净区内，会造成产品的重复污染，对操作人员和环境造成长久的潜在危害。并且在熏蒸之后要长时间通风，人员才能进入洁净区，造成了生产效率较低。目前常见的杀孢子剂主要成分是乙酸、过氧化氢和过氧乙酸，虽然具有较好的杀菌效果，但是杀菌不长效，且乙酸与过氧乙酸都是有害物质，消毒后也会留下有毒残留。
含氯类消毒剂：氯制消毒剂初次消毒效果较好，但不具备长久效应，不具备抑菌作用，不适合长期使用。氯类消毒剂受环境温度、光照等多种参数影响，效果较难控制，且会改变PH值，影响食品口味等，不适合食品厂使用。且氯制消毒剂也会留下毒性残留。
臭氧杀菌：臭氧只有在极低浓度下才算无害，高浓度的臭氧会危害人身健康，严重情况下会导致中毒甚至致癌。但臭氧浓度比较难掌握，消毒效果较差，风险较高。
酒精(75%)中等水平消毒剂,由于配置和安全要求,大范围使用受限。巴氏消毒液是用的最为广泛的。
84消毒液是一种广泛应用于杀灭细菌和病毒、预防疾病并抑制传播的产品。由于其消毒效果理想、价格低廉、使用方便，具有广谱、高效的杀菌特点而深受大家的欢迎。目前市面上有品牌繁多的用于家庭日常生活的84消毒液，是我国众多日化企业投入生产的主要产品类型。其使用场所从最开始的医院迅速扩展到学校、幼儿园、宾馆、写字楼、车站等公共场所和居民家庭。其消毒对象也从手术器械、温度计扩展到餐具、桌椅、马桶等。
84消毒液为保证我国居民健康、防止疾病传播、切断交叉污染发挥了巨大的作用。但也应注意84消毒液如果使用不当可能产生严重的后果。近几年新闻上就曾报道过错误使用84消毒液后身体不适送医的事件。
制药厂常用的消毒剂主要有以下几种：
乙醛
乙醛是一种广谱消毒剂，能有效灭杀细菌、病毒、真菌等微生物。在制药厂中，乙醛常用于对设备、工具、容器等进行消毒。但是，乙醛具有刺激性气味，易燃易爆，对人体和环境有一定的危害，因此需要注意安全使用。
过氧化氢
过氧化氢是一种环保、高效的消毒剂，具有广谱杀菌作用，能有效灭杀各种微生物。在制药厂中，过氧化氢常用于对生产车间、设备、管道等进行消毒。但是，过氧化氢易被光照分解，需要在暗处保存，同时也需要注意安全使用。
普通的过氧化氢和含氯类消毒液无法有效的杀灭芽孢，为什么诺福杀孢子剂对芽孢有很好的杀灭效果？
1，诺福采用独有的复合型过氧化氢配方，将传统的过氧化氢杀菌能力提升了几十倍，释放的氢氧键携带巨大的能量能刺穿厚厚的孢子壳，进入芽孢里面，从而彻底杀死芽孢，抑制芽孢的生长和繁殖。
2，除了擦拭法以外，针对大面积的洁净车间还可以借助我们的欧菲姆干雾灭菌设备进行熏蒸灭菌，相对于传统擦拭法，大大降低了工作量，节省了人力成本。
氯己定
氯己定是一种广谱消毒剂，能有效灭杀细菌、病毒、真菌等微生物。在制药厂中，氯己定常用于对设备、容器、表面等进行消毒。但是，氯己定具有刺激性味道，对皮肤和黏膜有刺激作用，因此需要注意安全使用。
紫外线消毒
紫外线消毒是一种非化学性消毒方法，通过紫外线辐射杀灭微生物。在制药厂中，紫外线消毒常用于对空气、水、表面等进行消毒。但是，紫外线消毒只能对表面进行消毒，不能穿透物体，因此需要注意使用方法。
过氧乙酸
过氧乙酸是一种环保的消毒剂，具有广谱杀菌作用，能有效灭杀各种微生物。在制药厂中，过氧乙酸常用于对生产车间、设备、管道等进行消毒。但是，过氧乙酸具有刺激性味道，需要注意安全使用。
总的来说，在选择消毒剂时需要根据实际情况选择合适的消毒剂，并注意安全使用。