南京晓庄学校设有16个专业学院,开办56个本科专业,涉及经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学等9大学科门类。有思想政治教育、经济学、国际经济与贸易、经济与金融、物流管理、财务管理、电子商务、行政管理、旅游管理、酒店管理、社会工作、历史学、小学教育、应用心理学、教育技术学、学前教育、汉语言文学、秘书学、汉语国际教育、英语、商务英语、翻译、日语、广播电视学、网络与新媒体、广播电视编导、光电信息科学与工程、电子信息科学与技术、自动化、物理学、通信工程、电气工程及其自动化、网络工程、软件工程、数学与应用数学、信息与计算科学、化学、应用化学、地理科学、地理信息科学、人文地理与城乡规划、复合材料与工程、环境工程、生物科学、食品科学与工程、食品质量与安全、音乐学、音乐表演、绘画、视觉传达设计、动画、环境设计、服装与服饰设计、体育教育、社会体育指导与管理专业。