有母公司签合同但是有分公司收款的这种行为通常情况下是不合理的，这样的操作仅限于建筑行业，而且母公司这样的做法实际上就是为了避税而已，除了建筑行业之外，其他公司如果这样做的话就涉嫌偷税漏税了，母公司签合同应该直接由母公司收款。
一、母公司签合同分公司收款的行为是否合理 母公司签合同分公司收款的行为是不合理的，只有建筑行业允许总公司签订合同后，由分公司提供建筑服务并收取价款，并由分公司地向发包方开具增值税发票。其他行业只能由总公司收款并开具发票，总公司是增值税的纳税义务人。
因此，总公司收款并开具发票，总公司是增值税的纳税义务人。总公司将款项转给分公司时需要总公司与分公司签订分包合同，分公司就分包金额向总公司开具发票并缴纳增值税。
公司如为公司法上所要求的分公司:无独立法人资格，有工商颁发的营业执照。分公司不具有独立法人资格，法律责任由总公司承担。但分公司有对外签署合同的权利。
所以，分公司可以对外签订合同、收款、开发票。但法律后果由总公司承担。但合同是由总公司签署，合同相对人就是总公司，所以很多企业不愿意付款给分公司，或者由分公司开票。
分公司也可以开发票，但是合同也要以分公司名义签订。只要到当地税务机关进行纳税登记，并在所在地纳税。
《公司法》第十四条 【分公司与子公司】公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
二、设立分公司应该提交的材料包括哪些 1、《企业设立登记申请书》《企业设立登记申请表》、《投资者名?》、《企业负责人登记表》、《企业经营场所证明》等表格;
2、《名称预先核准申请书》及《企业名称预先核准通知书》;
3、《指定(委托)书》;
4、总公司拨款证明;
5、公司对分公司负责人的任命文件，负责人不是本地的需要提供暂住证复印件;
6、加盖公司公章的《企业法人营业执照》复印件;
7、总公司章程(应提交经公司登记机关备案并己加盖登记机关菱形章的章程)复印件;
8、公司拨付给分公司使用的资金数额证明文件;
公司在避税的时候，要结合本公司经营的项目选择合理的避税方法，如果所有的企业都可以由母公司签合同，然后再由分公司收款，那么母公司的收益无法统计，这样一来必然会少交一部分税款。而且，分公司本身也是需要独立向税务机关纳税的。以上就是我整理的内容。