第一步，游戏开始，发现这位女博士绑架了博士。
第二步、输入名字之后，就正式开始了。
第三步、然后按照顺序进行即可，打败火箭队破坏他们的阴谋。
第四步、在琉璃岛潜下去找到水梧桐。
第五步、全部完成之后去送神火山的坟墓。
第六步，最顶层对着墓碑讲话。
第七步、到达开拓区完成父与子剧情。
第八步、打完BOSS抓冰龙。
第九步、到达觉醒寺。
第十步、来到新大陆往前走进入个小镇左边是赤爷，右边的是绿爷，没什么用，就是刷级的。
【 九、第六道馆(妖精) 】
9.1.从电系道馆出来，收到博士的信息，邀请你到PC(塔附近)对面左侧红色的咖啡店フラダリカフェ (闪光团员附近)
然后见到博士与橙毛先生 フラダリ，提及Mega之力、ホロキャスター、两只传说PM后，获得おうじゃのしるし
博士让你继续在カロス地方周围游历
9.2.走出咖啡店，收到朋友トロバ的视像信件，叫你到 14番道路 集合
(从塔走向北面，再往左走进入第2个关卡)
走到 14番道路 跟トロバ和劲敌会合，跟劲敌展开对战，然后莎娜和肥佬也赶到来
再前往北面的 クノエシティ 进发
9.3.走到 14番道路 左上的屋内，莎娜说见到之前劲敌进了这恐怖的屋里很久才出来，进去听大叔讲恐怖故事后离去
9.4.到达 クノエシティ，PC正上方的布满蘑菇的房子就是妖精系道馆
馆内每个房间都有转跳点，到达馆主位置的次序：左→左下→左下→右下→(左上唯一)
妖精系馆主：マージュ
持有精灵：Lv.38 クチート(大咀娃) + Lv.39 バリヤード(吸盘魔偶) + Lv.42 ニンフィア(仙子精灵)
战胜后获得-馆主徽章(可操控Lv.80或以下的外来PM)
-招式机器99 マジカルシャイン(魔法之光) [妖精 特攻 威力80 命中100 PP10]
9.5.从妖精系道馆出来，トロバ和莎娜约你到市内北面的 ボール工场 见识PM球的制作
到工场前面戳莎娜，她不听トロバ劝阻进入工场，然后他们被闪光团员追捕
肥佬去追他们，劲敌则与主角进工场调查
9.6.到在左下方将运输带方向逆转，到右上方工作室内，社长正被闪光团的科学家威胁
战胜闪光团科学家和干部二人后，社长会给你マスターボール(大师球) 和 でかいきんのたま(大金珠)
9.7.朋友平安回来后，叫你到 フウジョタウン。
【 十、第七道馆(超能) 】
10.1.从 クノエシティ (妖精系道馆市)往右到 15番道路
到达 フウジョタウン，博士向你提及Y兽イベルタル
10.2.往镇上方到在下雪的 フロストケイブ 遇见介绍猛犸作为雪天骑乘PM的男子和朋友トロバ
在山洞深处，闪光团想捕获冰雪猿人，击退他们后可向冰雪猿人获得ユキノオナイト(冰雪猿人Mega进化道具)
10.3.回到镇上前往右方 17番道路，骑乘猛犸走过雪地，同样按A可击破岩石
走过雪地，收到劲敌信息，去挑战道馆
10.4.在 ヒャッコクシティ 遇见女研究生并获得リピートボール
到右上方的超能系道馆门前与劲敌对战
10.5.在道馆踏正中心后进入一个幻象空间，一直走便可找到馆主
超系馆主：ゴジカ
持有精灵：Lv.44 シンボラー(图腾鸟) + Lv.45 ヤドキング(河马王) + Lv.48 ニャオニクス
战胜后获得-馆主徽章(可操控Lv.90或以下的外来PM)
-招式机器04 めいそう (冥想)
【 十一、决战闪光团 】
11.1.从超能道馆出来会合劲敌后，收到橙毛佬(フラダイ)的信息，说闪光团复活最终兵器，会将世界的一切毁灭
劲敌叫你回到 ミアレシティ(大城市)
11.2.回到之前的红色咖啡店(在塔的大概西南面)，原来侍应都是闪光团的人
店内有一条隐藏通道，查看橱柜便能开启，进入 フラダリラボ 并与橙毛佬(フラダイ)对战，然后他乘升降机逃去
左上房间内遇到之前两名正义使者，获得げんきのかけら
11.3.一路击倒闪光团员，获得エレベータのキー(升降机之匙)
并知道复活最终兵器的关键在吸取 10番道路 石群传说PM的能量
乘升降机往下看见橙毛佬与一个被囚禁、曾在 13番道路 遇见的男巨人，开始忆起3000年前制造最终兵器的往事
再往地下3阶跟老大クセロシキ决战，然后叫你按前面的蓝色/橙色按钮，其中一个可以停止复活最终兵器
但按哪一个都是会复活那棵大毒花，并说 セキタイタウン 的一切都会被消灭
11.4.飞往 セキタイタウン(地图最左) 并走往左上方，劲敌前来相助，阻止橙毛佬(フラダイ)的计划
在 フレア団秘密基地 再与橙毛佬(フラダイ)决战。
然后往左走，与劲敌一起击倒闪光团员。途中 莎娜 赶上一起帮忙。
11.5.最终兵器Y兽イベルタル复活，并与其立即进行对战(强制捕获，击倒后会再战) (打败团员后请存档)
捕获后，身上满6只可选一只送返PC，以Y兽为首位PM
(XY版的神兽固定为随机3项个体31)
11.6.橙毛佬(フラダイ)身上装备可让PM Mega进化的最终兵器，与主角决战 (他拥有Mega鲤鱼龙[破格特性])
11.7.橙毛佬(フラダイ)战败后准备连同最终兵器将基地毁灭，主角众人逃离基地
一切告终，众人可继续冒险收集PM图鉴资料。男巨人来感叹一下便离去
【 十二、第八道馆(冰) 】
12.1.返回 ヒャッコクシティ(超能道馆市) 往右下方走到 18番道路
一直到 レンリタウン 南面小桥前，博士前往道谢并进行对战
12.2.往下到 19番道路 的吊桥与莎娜相遇并对战，肥佬(テイエルノ)和トロバ赶来
肥佬立即来挑战主角，トロバ给大家的PM治疗后再挑战主角
然后 莎娜 给主角 秘传机器05 たきのばり(攀瀑)，并叫你到 エイセツシティ 的道馆挑战
12.3.到了 エイセツシティ 中心位置的道馆，门前的人叫你先到 迷いの森 探险
12.4.往市的左下方到了 20番道路(迷いの森) 一直往左
进入 ポケモンの村 找到了馆主，馆主回去道馆等待挑战
12.5.返回市内的冰系道馆，要通往馆主处便要踏下按钮，扭动场地 (跟着NPC方向走就是了)
冰系馆主：ウルップ
持有精灵：Lv.56 ユキノオー(冰雪猿人) + Lv.55 フリージオ(冰晶球) + Lv.59 クレベース
战胜后获得-馆主徽章(可操控所有的外来PM)
-招式机器13 れいとうビーム (冷冻光束)
走出门外，馆主说你可以前往ポケモンリーグ(PM联盟)
【 十三、冠军之路：PM联盟 】
13.1.从冰系道馆市往左上方经 21番道路 一路走到左面关卡，往上到 チャンピオンロード(冠军之路)
13.2.在 冠军之路 穿过两次山洞后的石场遇到劲敌并进行对战，然后送你 げんきのかたまり
13.3.到达ポケモンリーグ(PM联盟)，进入前方建筑物内部开始挑战四天王，一旦进去便无法再返回
四天王分别位于四个房间：
左上：钢鉄の间
- 钢系天王 ガンピ -
PM资料：
Lv.63 クレッフィ(钥匙)
Lv.63 ダイノーズ(大朝北鼻) [特性：坚硬──当满血时被一招打倒会剩余1HP]
Lv.65 ギルガルド(盾形鬼剑)
Lv.63 ハッサム(巨钳螳螂)
右上：火炎の间
- 火系天王 パキラ -
PM资料：
Lv.63 カエンジシ(火狮子)
Lv.63 ファイアロー(火雀)
Lv.63 コータス(煤炭龟)
Lv.63 シャンデラ(鬼灯)
左下：竜章の间
- 龙系天王 ドラセナ -
PM资料：
Lv.63 ドラミドロ(毒海马) [招式：10万伏特]
Lv.65 オンバーン(爆音龙)
Lv.63 クリムガン(赤鲨龙)
Lv.63 チルタリス(七夕青鸟)
右下：水の间
- 水系天王 ズミ -
PM资料：
Lv.63 ブロスター
Lv.63 ギャラドス(鲤鱼龙)
Lv.65 ガメノデス(水+岩)
Lv.63 スターミー(宝石海星)
=================战胜四天王后==================
正上：光の间
- 盟主 カルネ -
PM资料：
Lv.64 ルチャブル(格+飞) [招式：剑舞]
Lv.65 ガチゴラス(岩+龙)
Lv.65 ヌメルゴン(龙+?)
Lv.65 アマルルガ(冰+龙)
Lv.65 パンプジン(鬼+?)
Lv.68 サーナイト(MEGA)[特性：トレース(复制)，招式：ムーンフォース(月亮之力)][/quote]
13.4.主角获邀到大城市进行接授勋章仪式，以答谢主角众人阻止闪光团的恶行
此时男巨人(AZ)出现，跟主角对战
阵容：Lv60 コータス(煤炭龟)、Lv60 シンボラー(图腾鸟)、Lv60 ゴルーグ(守卫巨灵)
战胜后，天降フラエッテ(花仙)与AZ在3000年后的今天重聚
一周目是日本泊来语，是指游戏第一次通关前，第一次通关再玩一次称为二周目，依次类推。口袋妖怪永恒之沫v3.0的一周目也就是指从游戏开始到打通精灵联盟这期间的过程，都叫做的一周目。
因为打通精灵联盟算是口袋妖怪永恒之沫v3.0第一次通关，所以那期间的过程为一周目。