水利部直属预算单位的政府采购资金审计在第七章中有着明确的规定。首要审计内容是第20条，即对采购资金来源的合法性和合规性进行核查，确认其是否及时且足额到位，同时需要检查是否存在挤占或挪用其他专项资金的情况，以确保资金使用规范。
接着，第二十一条详细规定了采购资金的支付审计流程。首先，审计会考察资金支付是否基于年度采购预算的批准，并根据科学的用款计划进行，确保严格按照规定的程序进行。其次，预付款的发放需符合采购合同中的约定条件，对于工程采购，还需符合招标文件规定和工程进度的要求。
支付资金时，审计会核实是否符合采购预算、采购计划以及采购合同的要求，以保证资金的合理使用。此外，预付和结算过程需由财务部门直接操作，避免采购部门或机构违规进行，确保资金流向的透明和规范。在结算阶段，审计会检查是否已扣除预付款，是否预留了质量保证金，同时确认是否存在提前支付的情况，以确保资金管理的严谨性。
《水利部直属预算单位政府采购审计办法》（水审计2006311号）是为了加强部直属预算单位政府采购的审计监督，规范审计行为,保障政府采购活动公开、公平、公正，提高政府采购资金使用效益，加强廉政建设，根据《中华人民共和国政府采购法》、《中央单位政府采购管理实施办法》、《水利部直属预算单位政府采购管理实施办法》及有关规定而制定的办法。