自发票管理系统升级到2.0后(2019.11)，对于认证或勾选的发票开始按用途进行清分传输，即采用扫描认证或抵扣勾选的用途为“抵扣”，采用退税勾选的用途为
出口退税。对于用途为“出口退税的”发票不再传输到审核系统。如果外贸企业把用于退税的发票做了抵扣勾选，应按如下顺序进行操作：
(1)能够撤销勾选或签名确认的或能够回退所属期的就撤销或回退所属期并重新勾选退税
(2)不能重新勾选的，可以开具红字发票信息表并让供货商开具红字发票冲减，然后重新开具发票，对于重新开具的发票做退税勾选；
(3)如果上面2点都不能操作的，则向税务局申请
进项税额转出核实函。即向主管税局税源管理科申请进项税额转出核实，如果已经抵扣进项税的应先转岀。税源管理科核实该发票未用于抵扣后，会将《增值税扣税凭证进项税额转出情况核实函》发送给出口退税审核系统。企业申请退税，税局用该核实函进行出口退税审核(在异地协作平台中操作核实函，企业再申报退税即可)