大多数黑色及深色宝石因透明度较差，自然光不能通过宝石，光在宝石中发生折射、反射产生美感，因而多数黑色宝石以其深邃的体色和特殊的光学效应获得人们的青睐。深色及黑色宝石琢件多为弧面型，鉴别时，宝石的折射率值、相对密度值、颜色色调和特殊光学效应（如猫眼效应、星光效应、变彩效应、光彩效应等）的观测则显得非常重要。该系列宝石的鉴别要点：
（1）折射率值的测定：赤铁矿、铁铝榴石的折射率值较高，常常超出折射仪的可检测范围。其他黑色宝石的折射率值小于1.81，处于可测范围内。通过测定宝石的折射率值可鉴别宝石。
（2）相对密度测定：利用天平可获得非镶嵌宝石较准确的相对密度值，再结合其他特征进行鉴定。相对密度的测定对深色及黑色宝石尤为重要，因为宝石的许多性质，如多色性、色散和透明度等特征，在此类宝石中无法获得。根据所测的相对密度值对照宝石的性质特征（表4-8）即可定名。赤铁矿、蓝宝石、黑榴石、尖晶石等在二碘甲烷（3.33）中下沉，其余的宝石品种均上浮；碧玺、透辉石等在三溴甲烷（2.89）中下沉，而玛瑙、天然玻璃则上浮。
表4-8 黑色及深色调宝石的鉴定特征
（3）放大观察：可利用宝石表面的棱角和腰部尖锐或粗糙的程度判断宝石硬度的大小，如天然玻璃的棱角或腰部常常较粗糙或有缺口，表明其硬度较低。对于透明、亚透明或半透明的黑色宝石，可根据其内部包裹体的特征进行宝石鉴定，如透辉石内部可见金属性质的包裹体。
（4）特殊光学效应：星光透辉石具有特征的不对称四射星光。天然玻璃由于含有白色的矿物包裹体，类似雪花，构成了雪花黑曜岩特有的鉴定特征。黑欧泊具有变彩效应。蓝宝石、尖晶石、铁铝榴石可出现六射星光。
（5）其他鉴定特征：赤铁矿具有红褐色的条痕。天然星光宝石可见平直的色带或天然的包裹体。黑玛瑙亦称“安力士”，不透明，透射光观察，显暗绿色或灰绿色，折射率值1.54，相对密度2 .65，极少能看到其条带状构造，摩氏硬度6～7，玻璃或蜡状光泽。
常见的黑色有机宝石主要有煤玉、黑珊瑚、黑珍珠等，它们的基本性质和宝石学特征详见有机宝石部分。