要准确掌握种子批的质量状况，必须按规定程序在种子批内的种子中抽取有代表性的样品，并进行有关项目的检验。种子检验的程序，首先要保证检验项目的连续性和检验技术、操作规程的标准化。GB/T 3543.1—1995《农作物种子检验规程总则》中，在对样品进行全面检验时，规定了检验操作程序图。
连续性指的是分析项目要环环紧扣或同一项目的各步骤间相互连贯。一般有先后顺序之别，各项分析结果常常相互影响。比如，发芽试验的样品是从净度分析后的净种子中随机数取的，也就是种子发芽试验是在净度分析的基础上进行，不能本末倒置。标准化是指采用的具体方法及技术操作规程的通用性和系列化，符合一定的标准，否则就无可靠性或重演性可言。
种子检验的程序一般包括田间检验和室内检验两个相互关联的程序，都由取样、检验和结果报告3个部分的内容组成。在种子生产过程中只有田间检验合格的种子田收获的种子才能申请室内检验，签发种子合格证书。田间检验重点是品种品质（真实性和品种纯度），也包括病虫、杂草等。在种子贸易中一般只做室内检验即播种品质的检验，品种品质是由供种方提供真实的田间检验结果并在合同中采用明确的条款约定好种子的真实性和纯度等级。