1. 办公室: 管理文电、会务、保密等事务，负责机关制度建设、财务、综治维稳、信访、信息、宣传、政务公开、信息化等工作。
2. 政策法规处: 制定和监督实施地方性法规，研究水利工作政策，协调依法行政，处理行政许可、合法性审核、行政诉讼、行政复议和赔偿事宜，推动水利法制宣传教育。
3. 规划计划处: 制定水利战略规划，审核项目规划，指导建设项目合规性审查，负责计划管理和水利统计。
4. 水资源处（全省节约用水办公室）: 负责水资源管理，包括取水许可、有偿使用、水资源调查、水量分配、水功能区划、水资源调度、水源保护和节约用水等工作。
5. 资产财务处: 编制预算，管理财务，监督直属单位财务，负责省级水利资金和国有资产的监管，提出水利价格、收费和信贷建议。
6. 科技外事处: 制定科技发展规划，管理项目和科技成果，组织水利科研和技术引进，制定行业技术标准，指导对外经济技术合作和交流。
7. 建设管理处: 指导水利工程建设和运行管理，负责工程质量监管，审批水利工程等。
8. 水土保持处（云南省水土保持委员会办公室）: 负责水土流失防治，制定政策和技术标准，监测和管理水土流失，指导重点防治区建设和监督。
9. 农村水利处: 管理农村水利，协调农田水利建设，指导农村饮水安全和节水灌溉等工程。
10. 安全监督处: 负责水利行业的安全生产，监管水库水电站安全，实施水利工程质量和安全监督。
11. 云南省防汛抗旱指挥部办公室: 组织协调全省防汛抗旱工作，调度水资源，制定应急预案，指导抗洪抢险和干旱防御。
12. 人事处: 负责机关及直属单位的人事编制、教育培训等工作。
13. 机关党委: 负责机关和直属单位的党群工作。
14. 离退休人员办公室: 管理和指导机关及直属单位的离退休人员工作。