一个是依法扣押，如果是和案件有关的，比如说作案工具类似的情况，按照刑诉法的有关规定公安机关是有权扣押的，因为作案工具是要作为一个证据随案走的。
关于处理，有几种情况，一个是案件了解了，随案移交，比如这个案子作为涉案工具移交了，要随案到检察院、法院，最后对车辆做一个明确的规定，是拍卖还是发还，还是怎么处理，由法院作出规定。
还有一种情况就不是特别严重，公安机关在查扣以后发现与案件的关系不大，当时查的时候对这个问题判明不是很准确，后来认为车辆和案件无关就要及时发还。
不能寻找各种理由强行扣押、长时间扣押，更不允许对涉案车辆保管不善，造成损失，民警未经同意私自使用车辆，都不允许。
最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家工商行政管理局《关于依法查处盗窃、抢劫机动车案件的规定》第11条规定：“对犯罪分子盗窃、抢劫所得的机动车辆及其变卖价款，应当依照《刑法》第64条的规定予以追缴。”
第12条规定：“对明知是赃车而购买的，应将车辆无偿追缴；对违反国家规定购买车辆，经查证是赃车的，公安机关可以根据《刑事诉讼法》第110条和第114条规定进行追缴和扣押。对不明知是赃车而购买的，结案后予以退还买主。”
《刑法》第64条规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”
违法行为人将自有机动车用于违法犯罪的，应予没收。而利用受害人的机动车实施违法行为的，则应予以返还，司法机关不得没收。
扩展资料：
没收犯罪工具的程序
实践中，对于犯罪工具，往往是由办案部门在相应诉讼程序中办理相关扣押手续，在最终判决时，由法院对作案工具作出予以没收的决定并在判决书中载明。
犯罪工具的扣缴和监管应当注意的问题。
第一，不能因为经费紧张或者要完成罚没任务而乱用、滥用“没收权”，更不能不顾当事人的合法权益而“一律没收”。
近几年，由于司法机关的办案经费、物质条件都存在不同程度的缺口，财力与物质保障不能完全适应刑事工作的需要，干警每年要完成一定量的罚没款任务，以弥补办案经费的不足。
实践中，办案部门往往受利益驱动，对价值较大或可以使用的，一律追缴，甚至不惜牺牲被告人包括被害人的合法权益。
第二，扣缴和监管的程序要逐步规范。中央立法、司法机关出台的关于“扣押、冻结”的司法解释，司法机关应当坚持：
一是对违禁品一律没收，这是强制性而没有争议的规定。
如管制刀具、毒品、枪支等工具，它具有赃物和犯罪工具的双重属性，如处理不好，还容易流入社会。
二是行政处罚不能代替刑事处罚，但可以先进行快速的行政处罚，直接强制执行结束后，马上将在案物品移送下一个刑事诉讼程序。
三是对扣押、冻结的犯罪嫌疑人的财物及其孳息，作为证据使用的实物应当随案移送。
对不宜移送的，应当将其清单、照片或其他证明文件随案移送，待人民法院作出生效判决后，由扣押的公安机关按照人民法院的通知，上缴国库或者返还受害人，并向人民法院送交执行回单。
参考资料来源：百度百科-黑龙江省公安机关涉案车辆管理办法
“涉案工具车辆”只要被认定为作案工具，依法予以没收。
《刑法》对做案工具的处理有如下规定：
第六十四条 【犯罪物品的处理】犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
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