法律分析：医保是一个大范围,只要是医疗保险都叫医保,医保又分社会医疗保险和商业医疗保险,而你说的合作医疗保险是社会医疗保险里面的一种。
1、缴纳费用不同：农村医保缴纳的费用一年几百元，而社保缴纳费用一年几千甚至上万，相比之下农村医保的费用低很多；
2、包含项目不同：农村医保只包含了医保，但是社保除了包含医保还包括养老、失业、工伤和生育保险；
3、缴费方式不同：农村医保是由参保人负担全部费用，而社保是由职工和公司一起承担费用的。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
(一)应当从工伤保险基金中支付的;
(二)应当由第三人负担的;
(三)应当由公共卫生负担的;
(四)在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。