奶牛的胚胎移植的意义主要有下列几方面：
（1）可以充分发挥良种母牛的繁殖潜力，提高繁殖效率。通过胚胎移植，供体母牛可以省去很长的妊娠期，从而大大地缩短了其繁殖周期。加上对供体母牛实施超数排卵，一次即可得到数枚或十多枚甚至几十枚胚胎，这样供体母牛一生中产生的后代数比自然状态下增加几十倍甚至几百倍，大大发挥了良种母牛的遗传潜力。
（2）加快品种改良。一头良种公牛在育种中所起的作用远远大于一头良种母牛，因为一头公牛一生中拥有的后代远远多于一头母牛。母牛产生后代少于公牛的原因，一是其产生的成熟卵子数量有限，二是胚胎发育在母体内占去了母牛一生中很多时间。如果使良种母牛排出数量更多的成熟卵子，同时卸掉孕育胎儿的包袱，那么母牛一生中所生后代的数量必将成倍增加。胚胎移植就是一种使母牛多产的有效方法，它的运用可以大大提高母牛的繁殖力，增加选择精确度和选择强度，从而可以加速品种改良的速度。
（3）胚胎移植对于引种或出口种质可能是最安全的方法。因为胚胎通常很少携带病原微生物。冷冻胚胎也是一种极好的保存种质的措施。不同于精细胞，一个胚胎是一个完整的个体，这样，冷冻或冷藏一个胚胎不仅保存了一个个体的基因，也保存了基因组织。要从精子中重新构建一个已经灭迹了的群体，需要级进许多世代，而通过胚胎再构建一个群体，仅在一个世代内即可实现。