明朝不出兵去剿灭蒙古的残余势力，而只是修长城是因为关系到一个性价比的问题。
经过朱元璋与朱棣大规模的出击北元，蒙古的主力几乎都被消灭了，剩下的都是小鱼小虾三两只，分散在茫茫草原，找也找不到。
修长城仅仅是把破损的地方重新修补，或者是部分地方加高加厚，花费比较小。与之相比出兵剿灭蒙古残余势力就不同了，先不说大军出动耗费多少粮食，单是你走到草原上辨明不了方位，很有可能会迷路，即便没有迷路，也不一定能找得到人，白白花费银两。
建国之后的北伐
朱元璋建立明朝前后，一共发动了九次北伐，直接将北元打回了老巢，重新过上了逐水而居的游牧生活。
1367年，朱元璋派麾下大将徐达与常遇春挥师北伐，此次北伐收复了宋朝渴望许久的燕云十六州，元顺帝仓惶逃离北京。
其后，徐达、常遇春以及其他将领如冯胜、傅友德、李文忠等人相继出兵，对蒙古的残余势力进行一轮又一轮的打击，直到蒙古人开始躲避明朝的兵锋，不与之硬碰硬。
朱棣的北伐
经过朱元璋的不懈努力，庞大的蒙古帝国开始分裂，最终形成了三大部分，分别是鞑靼、瓦剌以及兀良哈三卫。
朱棣时期，鞑靼再度蠢蠢欲动，朱棣决定一次性解决问题，第一次的出征因为统帅的问题全军覆没，第二次朱棣本人直接亲自披挂上阵。这次直接击溃鞑靼。
此时瓦剌又跳了出来，二话不说，朱棣再次领兵出征。而这一次瓦剌也被打败了，明朝北方边境终于恢复了和平。
事实上，明军出兵主要针对的是蒙古部落渐渐强大，且又不听话的时候，一般情况下从不主动出击。
第一，大军出动耗费的物资不是一个小数目。
自朱元璋时起，明朝出击北元的军队数量最少都是十万，甚至朱棣时期的两次远征都达到了五十万。这么多的军队光吃饭以及沿途消耗就是一个恐怖的数字，还要加上战后赏赐，这么算下来，每次作战对明朝而言都是一个巨大的挑战。
第二，国内都是初定，不宜长时间进行大规模的军事行动。
朱元璋是天下初定，朱棣也是靖难成功，不能保证暗中没有人对皇位觊觎已久，一旦失利情况很难保证。
第三，修长城花费比较小。
秦始皇统一中国后，就将秦、赵、燕三国的长城连接在了一起，用以抵御匈奴。后面的王朝都曾对长城加以修缮，而明朝则是在此基础上将长城修筑的更为牢固，在花费上自是比打仗小的多，性价比也更高。
第四，朱棣之后的皇帝没有了进取之心。
朱棣之后，继任的皇帝没有朱元璋和朱棣的进取之心，唯一一个有点想法的还被人忽悠着去了战场，结果还被俘虏了。自此以后，明朝甚少组织大规模的对外用兵作战。
与其在茫茫草原漫无目的的寻找蒙元残余势力，还不一定找得到，显然修好长城更容易见到收益，自然明朝君臣愿意来修长城了。