遗失存根联属未按规定保管发票，税务机关可以处一万元以下的罚款。但具体罚多少，主管税务机关有明细规定，鉴于定额发票存根对税收影响不是很大，一般处罚的金额都不是很多，或者免于处罚。联系主管税务机关，以其答复为准。发票的存根联用途，一般是指已开具的发票用来存档的，发票联是给对方用来做账的，抵扣联是给对方用来抵扣进项税额的，记账联是自己开完发票后用来记账的。存根联放入记账凭证里，按规定是不应该另外保存，应由单独保管备查。发票的记帐联用途，是销方用于做帐务凭证用的。存根联和记帐联由销方保管，其中存根联是销方留存备查用的（增值税专用发票已取消存根联），记帐联是销方用于做帐务凭证用的。发票的基本联次为三联。第一联为存根联，开票单位留存备查（下次领购发票时需验旧），第二联为发票联，收执方作为付款或收款原始凭证，第三联为记帐联，开票方作为记帐原始凭证。（增值税专用发票多“抵扣联”一联，一般纳税人抵扣进项税额凭证）。
法律依据：
《中华人民共和国发票管理办法》第三十条规定：开具发票的单位和个人应当按照税务机关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。保存期间满，报经税务机关查验后销毁。
《中华人民共和国发票管理办法》实施细则第五十条规定：下列行为属于未按规定保管发票的行为：
（一）丢失发票；
（二）损（撕）毁发票；
（三）丢失或擅自销毁发票存根联以及发票登记簿；
（四）未按规定缴销发票；
（五）印制发票的企业和生产发票防伪专用品的企业丢失发票或发票监制章及发票防伪专用品等。
（六）未按规定建立发票保管制度；
（七）其他未按规定保管发票的行为。
《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条 违反发票管理法规的行为包括：
（一）未按照规定印制发票或者生产发票防伪中专用品的；
（二）未按照规定领购发票的；
（三）未按照规定开具发票的；
（四）未按照规定取得发票的；
（五）未按照规定保管发票的；
（六）未按照规定接受税务机关检查的。
对有前款所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。有前款所列两种或者两种以上行为的，可以分别处罚。
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