中国国内的综合保税区普遍采用高度先进的管理模式，以确保高效且严格的海关监管。这些保税区实施封闭式管理，与关境内的其他区域之间设有特定的卡口、围网和视频监控系统，以及必要的海关监管设施，以保障商品和服务的合法流通和管理。
截止到2012年9月22日，国务院批准设立的综合保税区已达27个，涵盖了全国各地，如唐山曹妃甸、淮安、衡阳、盐城、无锡、济南、沈阳、长春兴隆、潍坊、成都、苏州工业园、天津滨海新区、北京天竺、海口、凭祥、绥芬河、上海浦东机场、昆山、重庆西永、广州白云机场、苏州高新技术产业开发区、西安、西安高新、银川、郑州新郑、阿拉山口、武汉东湖以及太原武宿等。其中，苏州工业园、天津滨海新区、北京天竺、重庆西永、郑州新郑、凭祥、昆山、苏州高新区、沈阳等保税区已经完成了封关运作，标志着这些区域在国际贸易中扮演着重要角色。
综合保税区是设立在内陆地区的具有保税港区功能的海关特殊监管区域，由海关参照有关规定对综合保税区进行管理，执行保税港区的税收和外汇政策集保税区、出口加工区、保税物流区、港口的功能于一身，可以发展国际中转、配送、采购、转口贸易和出口加工等业务。