在《破》战舰剧情结束14年后，NERV的部分成员，如葛城美里，组建了反NERV组织ヴィレ。她们的目标是消灭EVA，其中明日香和玛丽成功执行了《US作战》，夺取了初号机。在战舰上，沉睡14年的真嗣苏醒，与美里、律子、明日香以及东治妹妹重逢。真嗣发现明日香因EVA诅咒未变，自己被禁止驾驶EVA，还被迫佩戴炸弹项圈，若离开战舰将引发爆炸。面对攻击，真嗣离开战舰，而美里在关键时刻犹豫未引爆炸弹。
真嗣回到NERV本部，目睹荒凉景象，与诸薰和碇源堂相遇。他得知丽被救出但留在初号机，而他的行动导致了第三次冲击。在诸薰的陪伴下，真嗣逐渐恢复，但对美里的叛变和不能驾驶EVA感到困惑。得知真相后，真嗣一度消沉，但在诸薰的引导下，他决定与她一起驾驶13号机拯救世界。在战斗中，13号机与Mark.09一同面对挑战，但遭遇明日香和真理的攻击。薰意识到朗基努斯枪的危险，但在制止不及的情况下，碇拔出了枪。战斗结束后，第四次冲击开始，薰为保护世界牺牲，而明日香引爆2号机以阻止9号机的吞噬。真嗣与丽相遇，录音带掉落，预示着故事并未结束，而是进入新的篇章。
《福音战士新剧场版：Q》为GAINAX公司自1995年起创作的《新世纪福音战士》系列动画的新剧场版，于2012年11月17日在日本上映。这是福音战士新剧场版系列的第三部（前两部分别为《福音战士新剧场版：序》，《福音战士新剧场版：破》），又名Evangelion 3：YOU CAN (NOT) REDO / Evangelion 3：Q (Quickening)。注：此剧场版的日文标题中没有新世纪字样，作品名由エヴァンゲリオン（旧版《新世纪福音战士》）改为ヱヴァンゲリヲン（Eva新剧场版），原有的假名エ和オ将分别改为ヱ和ヲ，英文名Evangelion不变。