具体操作步骤如下：
首先，尽快实施军民分离、分立。结合科研生产能力的调整，按照军品民品分线管理的原则，分离民品和三产，界定产权，核定资产占用量，为资产重组创造条件:对资不抵债扭亏无望的企业实施破产或兼并，分离不良资产，对条件成熟的单位从组织体制上实行军民品分立，各自成为面向市场的独立法人。其次，改革目前的三级管理体制。总公司、院和厂所三个层次上不再是上下级隶属关系，是投资受益与授权经营的关系，实现政企分开。一切经济活动的相互联系，相互制约，通过合同和契约来解决，厂所具有法人资格，依法经营管理。院和厂所真正成为“自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束”的法人实体和市场竞争主体，从而实现了企业财产国家所有权和法人财产权的分离。第三，建立现代企业制度，即产权清晰，权责分明，政企分开，管理科学。只有建立现代企业制度才能解决国有资产所有者“缺位”问题，同时又克服所有者“越位”的问题，才能充分调动经营者和职工的积极性，切实负起国有资产保值增值的责任。
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