植物检疫工作与植物保护工作相比，确有其自身特点。
1.工作对象不同
植物检疫工作针对性强，主要是根据“法规”中指明的检疫对象及应检病虫，即全国植物检疫对象名单、各省（市）自治区植物检疫对象名单，它们一般为本国或本地区没有或少有发生的而且是能够人为传播的；植物保护防治工作对象是当时当地农业生产上发生为害的主要病、虫、杂草及其他有害生物。
2.工作方法不同
植物检疫工作主要以“法规”为武器，比植保工作更需要法制，通过“条例”、“实施细则及各省、直辖市、自治区颁发的“实施办法”的实施，依靠国内外各部门、各单位（如外贸、海关、民航、铁路、邮政、交通运输、工商、公安等）通力协作执法，以及各省、直辖市、自治区植物检疫机构共同执法，配合联防来达到控制检疫对象传播、蔓延的目的。植物保护工作则主要依靠当地农业行政部门、农业技术部门、广大农民实践防治来解决当地、当时发生的病、虫、杂草及有害生物。
3.研究内容和方法不同
由于植物检疫工作的对象是本国、本地区及有或少有发生的危险性病、虫、杂草，因此，它不可能象一般植保工作的对象那样，主要在田间或实验室进行研究、调查、试验等，因此，植检工作研究重点在对国内外有关危险性病、虫、草等有害生物情报资料的收集、分析、归纳、推理、论证立法。通过对危险性病、虫、草的形态特征、检验方法、鉴定技术、国内外分布情况以及其他发生地的危害性、生物学特性、防治经验、消毒处理技术等方面的分析研究，提出对某一有害生物传入的可能性、传入途径、传入后的适生范围进行分析研究、确认，最后提出适合的防止策略、措施，并进行论证立法。
4.防止和防治的要求不同
植物检疫的目的是防止危险性病、虫、杂草传播蔓延，因此，要求调运植物和植物产品不带检疫对象和应检病虫，对应施检疫的植物和植物性产品检验，发现有检疫对象和应检病虫时，应根据实际情况选择熏蒸消毒、控制使用或销毁处理等措施进行处理。对熏蒸消毒处理的效果要求彻底，消毒后查不到活的检疫对象或应检病虫。而一般植保工作对病、虫、草害的防治效果，只要求采用一系列的综合防治措施，把防治对象的为害压低到经济允许水平以下。
此外，植物检疫对象一旦传入某地，但尚未蔓延、发展，且分布范围还很小时，必须采取封锁扑灭措施，这比一般植保对象的病、虫、害防治，要求更快速、更彻底。