亳州市华佗中医院的医疗设施分布分为南、北两个区域，以满足不同科室的需求。在南区，设有急诊科，以及16个住院病区，总共开放了500张床位，为患者提供充足的医疗资源。
南区的重点科室包括感染科、精神科、微创外科、泌尿外科、内科、眼科、口腔科、耳鼻喉科和肿瘤科，特别值得关注的是，医院的肝病科是安徽省的重点专科，为肝病患者的治疗提供了专业的服务。眼科则作为市级重点专科，致力于眼科疾病的诊疗和研究。
北区同样设有急诊科，设有内科、康复科、针灸科、骨伤科、普外科、烧伤科、脑外科、妇产科和儿科等。在专病专科方面，"颈肩腰腿痛"是北区的一大特色，为患者提供了针对性的治疗方案。此外，骨伤科、内科、泌尿外科、普通外科、脑外科、妇产科和精神病科等也是北区的重要组成部分，涵盖了广泛的疾病治疗领域。
值得一提的是，推拿科和针灸科作为特色科室，采用传统中医手法，为患者提供非药物疗法，帮助患者缓解病痛，恢复健康。
亳州市华佗中医院是一所集医疗、教育、科研、防保等为一体的综合性中医医院。是国家“二级甲等中医医院”、“全省示范中医院”、国家执业医师资格（中医类别）实践技能考试基地；市、区职工医疗保险和城镇居民医疗保险主要定点医院、区新农合唯一一家定点二级医院、全市结核病防治定点医院；安徽中医学院、阜阳卫校、亳州卫校等院校的教学医院。