1、发票权限不同，小规模纳税人不能开具增值税专用发票，一般纳税人可开具增值税专用发票；
2、税率不同，一般纳税人基本税率在17%，小规模纳税人适用3%税率；
3、小规模纳税人取得增值税专用发票不能抵扣进项，一般纳税人取得增值税专用发票可以作为进项税抵扣。
【法律依据】
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条第一款第一项
增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
第十二条
小规模纳税人增值税征收率为3%，国务院另有规定的除外。
1、计税方法不同
一般纳税人原则上采用一般计税方法（提供公共交通运输服务等特定应税行为的一般纳税人也可选择简易计税方法）。小规模纳税人采用简易计税方法。
2、税率与征收率不同
一般纳税人适用增值税税率（简易计税的除外），目前增值税税率包括13%、9%、6%，0。（2019年4月1日施行）小规模纳税人适用增值税征收率，目前增值税征收率包括5%、3%。
3、增值税发票使用不同
一般纳税人可以开具和取得增值税专用发票。除部分国家税务总局规定的行业（如住宿、建筑等8个行业）小规模纳税人可以选择自行开具专用发票外，大部分小规模纳税人不能自开专用发票，如果需要开具专用发票可以到税务机关申请代开。
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一：定义不同
小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。所称会计核算不健全是指不能正确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额。
一般纳税人是指年应征增值税销售额（以下简称年应税销售额，包括一个公历年度内的全部应税销售额）超过财政部规定的小规模纳税人标准的企业和企业性单位。
一般纳税人的特点是增值税进项税额可以抵扣销项税额。
二：认定标准不同
1、主要从事生产或提供应税劳务(特指加工、修理修配劳务)的：年销售额在100万元以上的，可以认定为一般纳税人，100万以下的为小规模;
2、主要从事货物批发零售的：年销售额180万以上的可以认定为一般纳税人，180万以下为小规模。
工业企业年销售额在100万以下的,商品流通企业年销售额在180万以下的,属于小规模纳税人;反之，为一般纳税人。
三：纳税条件
1、小规模税点低；一般纳税人税点高，但可以做进项税抵扣。
2、小规模做账简单；一般纳税人做账比较繁琐。
3、小规模不能开增值税专票，如果需要专票，只能税局代开；一般纳税人可以开增值税专票和普票。
4、使用发票不同。小规模纳税人销售只能使用普通发票，不能使用增值税专用发票，购买货物与一般纳税人相同，可以收普通发票也能收增值税专用发票，二者收取增值税专用发票后帐务处理不同。
5、应交税金的计算方法不同。一般纳税人按“抵扣制”计算税金，即按销项减进项后的余额交税。小规模纳税人按销售收入除以（1+适用税率）后的金额再乘税率计算应交税金，工业6％，商业4％。
6、税率不同。一般纳税人分为0税率、13%税率、17%税率。小规模纳税人，商业企业按4%；工业企业按6% ，（免税的除外）。
四：发票不同
①使用发票不同
小规模纳税人销售只能使用普通发票,不能使用增值税专用发票，购买货物与一般纳税人相同，可以收普通发票也能收增值税专用发票，二者收取增值税专用发票后帐务处理不同.一般纳税人按价款部分入成本,税款部分入"应交税金--应交增值税--进项税额"帐户;小规模纳税人则按全额进入成本.
②应交税金的计算方法不同
一般纳税人按"抵扣制"计算税金,即按销项减进项后的余额交税.小规模纳税人按销售收入除于（1+适用税率）后的金额再乘税率计算应交税金，税率3％。
③税率不同
一般纳税人分为6%税率、11%税率、17%税率。
小规模纳税人3% ，（免税的除外）。
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