前往不归之穴，与秋穗对战后他会回到高级度假村，给她看正确的神奇宝贝，她会随机送出一份礼物。
前往六之岛。
六之岛
通过水之步道和绿之步道前往记号树林，穿过记号树林可以到达外岛的变化洞窟，在有E卡刷卡器的情况下在这里可以捕捉E卡的神奇宝贝，在有官方配信的情况下这里可以捕获配信的神奇宝贝
通过遗迹山谷前往点之穴。
点之穴
最底层蓝宝石被火箭队研究院澄夫抢走，获得火箭队仓库的密码。
返回五之岛，进入火箭队仓库。
火箭队仓库
在内部与澄夫对战后获得蓝宝石。
回到一之岛。
一之岛
与神奇宝贝网络中心中的阿锦对话交出蓝宝石，之后就可以与红蓝宝石版，绿宝石版、神奇宝贝圆形竞技场、神奇宝贝XD：暗之旋风 黑暗洛奇亚及神奇宝贝整理箱 红宝石·蓝宝石通讯。
七岛剧情后
七之岛
可以通过溪谷入口、七宝溪谷进入阿斯卡纳遗迹，通过解锁阿斯卡纳的锁解开阿斯卡纳石室内的未知图腾。
华蓝洞
可以在里面可以遇到超梦。
四处游走
关都地方和七岛可以遇到三圣兽（视选择的初学者神奇宝贝而不同）。
七岛其他（需参加指定活动）
可以使用神秘船票前往肚脐岩捕捉凤王和洛奇亚。
可以使用极光船票前往诞生之岛捕捉代欧奇希斯。
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