1、级别不同
特高课是这些间谍特务机关里面成立最早、级别最高的，梅、竹、菊机关则主要是为了辅助其实现抗日野心，在中国不同的区域实施策反、谍报、抓捕等活动，特高课在日本战败后由于其犯下的累累罪行而被解散，至于其他衍生谍报机构也随着日本的战败消亡了。
2、活动区域和任务不同
侵华战争开始后，特高课便成为了监视中国人思想动态，取缔反日言行；搜集情报；破坏抗日地下组织，侦捕审讯处理特工人员；监视伪高官言行；进行策反诱降等活动的机器。
特高课在日军偷袭珍珠港、太平洋战争中也起了重要作用。
梅机关因选址在上海虹口日本侨民聚集区一座被称为“梅花堂”的小楼里而得名，主要在上海活动。梅机关的主要职责是负责扶植、监视以汪精卫为首的伪国民政府。
后来又更名为“最高军事顾问团”，实为操纵汪伪政府的顶头上司。曾代表日本政府与汪精卫秘密签订了《日支新关系调整要纲》。
竹机关主要在我国华北地区活动。
菊机关主要在福建地区活动，主要从事策反工作，成功策反了曾任军长兼闽粤边防军总指挥的黄大伟，最终黄大伟叛变投敌，成为了日本走狗。
3、隶属不同
特高课全名特别高等警察课，隶属日本内务省 ，建立于19世纪20年代末，是日本的间谍组织。
梅机关由日本政府和参谋本部于1939年8月22日在上海建立的一个特务机关，由日本陆军中将、日本驻汪伪政府最高代表影佐祯昭担任机关长。
竹机关是土肥原贤二主持的“对华特别委员会”。
扩展资料：
知道梅机关、竹机关、菊机关的人很多，很眼熟。没错，梅、竹、菊三缺一——“兰”。日本确实设有“兰机关”，是华南日本特务的最高机构代号。主要负责搜集两广地区的情报，并策反两广地区的高级将领叛变蒋介石政府。
竹机关主要是为了实施以下阴谋：
1、鸟工作。起用唐绍仪及吴佩孚等一流人物，酿成强有力的政权趋势，在政治上削弱抗战阵营，在中国建立有影响力的伪政权；
2、兽工作。拉拢宋哲元、韩复榘旧部、东北军旧部、阎锡山军、石友三军、刘建绪军、徐源泉军及其他的武装团体，使蒋政权统治下的军队（军阀）瓦解归顺，在军事上分化抗日力量。
3、山工作。主要是对李宗仁、白崇禧的广西军队进行拉拢；
4、扰乱中国经济。
参考资料来源：百度百科—特高课
在抗日影视剧里最常见的就是特高课，特高课全名叫特别高等警察课，起初是负责处理日本本国国内事务的，但随着时间发展成为间谍组织，专门在敌对国收集情报，也负责策反敌人收为己用。
再说说梅机关，日本在上海建立了一个特务机关，用途是扶植和监视以汪为首的伪zf，因该机关选址在一座被称为“梅花堂”的小屋子里，所以被称为梅机关。这几个情报部门都为日本在侵略时提供了不少的有效信息。
竹机关活动在华北地区，首要任务就是策划一些已经退休的政治家和军事家，让他们为日本工作。当时日本有对段祺瑞进行过策反，最终没有成功，而被策反成功的也有齐燮元和殷汝耕这种民族败类。
与竹机关相类似的就是菊机关，菊机关设置在福建地区，同样主要的任务也是对高级将领进行策反。
像梅、竹、菊间谍机关往往收集的情报都有可能成为战影响争的决策方向和战争的胜败结果。据记载，夏朝少康时，为了攻打过、戈两个方国，了解情况，查明地形，汝艾和季抒被派遣到了这两个国家去进行间谍活动，收买重臣，为消灭两国创造有利条件。 可想而知，这种组织从古代就已经开始诞生并为国家作用了。
在那个战争年代，其实这几个机关部门都没有多大区别，都有着同样的主要任务，那就是策反反和收集情报，日本偷袭珍珠港的功劳都在这些部门上，收集情报对打仗十分重要，而侵略者迫于各种压力才建立这些机关从而使得某些地区打仗中减少其中的压制。
他们都不同，主要是在处理事务的地方不同。就像是不同的部门。负责不同的事情。梅机关对外声称自己为最高军事顾问团。从某种程度上来看，梅机关就是汪伪政权的幕后推手。竹机关跟梅机关的作用差不多。都是挖掘汉奸。
梅机关是为了扶植和监控汪伪政权而专门成立的特务机构，因其办公地点在虹口日租界的小楼“梅花堂”里，因此代号为梅机关。梅机关有权协调日本驻军、宪兵队、其他特务机关对汪伪政权的各方面支持，其实说白了就汪伪政权特工总部的创建者和实际控制者。汪伪政权正式成立后，梅机关对外称自己为最高军事顾问团，某种程度上看，梅机关就是汪伪政权的幕后掌舵者。
竹机关成立于武汉会战结束后的汉口，目的是为了配合岗村宁次分化中国军队，从吴佩孚到第五战区的川军大量将领都曾是竹机关的策反对象，但最终却没有任何成效，因此竹机关在二战历史上并不是很出名。梅机关和竹机关都有日本军方的背景，而且是临时成立的特务机构，其主要任务是挖掘汉奸，这两个机构没有正式名称，全部使用代号进行表述，因此也能看出他们执行的任务一般都见不得人。
特高课在二战史上非常出名，常常被学者称为与德国盖世太保、苏联契卡（克格勃前身）齐名的二战三大特务机关。特高课成立于全面抗战爆发之前，隶属日本内务省，全称“特别高等警察课”。随着战事的发展，日本宪兵队专门成立了军警联合特高课。