刺客1描述了酒保戴斯蒙被圣殿公司abstergo带走进行animus的实验，以回溯历史寻找圣物...古代则是刺客阿泰尔在一次夺取金苹果任务失败后降级重新完成刺客的升级条件，通过刺杀9位圣殿骑士找出了事情的真相，杀死了当时的刺客首领，也是自己的导师，夺取了金苹果的故事...
刺客2是衔接刺客1的，在刺客1结尾，戴斯蒙在abstergo的任务结束，圣殿想要杀人灭口...刺客间谍露西带领戴斯蒙逃离abstergo，重新踏上了成为刺客的道路，为了训练戴斯蒙，重新回到animus2.0，以获得刺客的技术...古代是曾为贵族公子的艾吉奥因为家庭受背叛，父亲与兄弟被绞死，走上了刺客复仇的道路，在复仇中逐渐揭开了圣物与先知的真相，与教皇波奇亚在威尼斯交锋，夺取金苹果，最终来到罗马刺杀教皇，解开了金苹果之谜，也向戴斯蒙揭示了地球将被太阳毁灭的事实...
刺客兄弟会承接刺客2，戴斯蒙一伙人为了躲避圣殿骑士来到曾经的蒙特利吉奥尼，也就是2代艾吉奥的庄园，重新开始实验，为了找寻金苹果，回溯艾吉奥在刺杀教皇之后回到故乡，却被教皇的儿子攻陷了城池，杀死了叔叔马里奥，夺去了金苹果，艾吉奥重新来到罗马建立兄弟会，推翻了教皇的统治，并将金苹果夺回藏了起来...戴斯蒙得知藏匿地点之后来获取金苹果，在碰触金苹果的一刻被金苹果控制，杀死了露西，此时被告知露西是双料间谍，戴斯蒙昏迷...
刺客启示录承接兄弟会，由于戴斯蒙昏迷被迫被放进animus以求回复...戴斯蒙的意识则来到了animus岛见到了曾经的实验者16号...为了恢复意识，戴斯蒙进入了错乱的记忆...古代则是艾吉奥来到马西亚夫以求解开图书馆之谜，而图书馆的大门由5个圆形钥匙开启，戴斯蒙因此来到君士坦丁堡寻找圣殿骑士以获取钥匙，在其中解决了苏丹皇室的纷争，并且获得了钥匙，和爱人索菲亚一起来到图书馆，发现了阿泰尔的尸骨以及另一个金苹果，艾吉奥放弃了金苹果，脱去了武器，与爱人索菲亚归隐田园...戴斯蒙也恢复了意识，为了拯救世界走出了最后一步...
刺客3承接启示录，戴斯蒙来到美洲以求拯救世界...回溯记忆到圣殿骑士海尔森的身上，海尔森为了获得先行者遗迹来到美洲找寻洞穴，在寻找过程中与印第安人吉奥发生感情，生下了儿子康纳...康纳幼年时海尔森离开，康纳所在村庄由于七年战争的缘故被烧毁，其母死亡，康纳因为仇恨走上了刺客的道路，刺杀圣殿骑士的同时解放美国独立...最终为了美国的独立杀死了其父海尔森，并且杀死了圣殿骑士最后在美洲的领袖李，解放了美洲...戴斯蒙从记忆中获取了钥匙的所在地，解开了先行者洞穴，触碰了释放邪恶神灵朱诺的机关，自己死亡以拯救了地球...
刺客解放与此同时，圣殿骑士公司设计了一款游戏，回溯刺客艾芙琳的记忆，阐述了艾芙琳解放奴隶的过程...
刺客4黑旗现代衔接刺客3，古代在刺客3之前...戴斯蒙死后尸体被圣殿骑士夺走...用于解开圣物之谜，古代是爱德华，海尔森的父亲，作为一个海盗无意中卷入了刺客与圣殿在圣者之间的冲突，爱德华一味的想要获取金钱，以至于一直追踪检测所的位置，在一次次纷争中获得了水晶头骨，但身边的海盗伙伴也一个个的死去，爱德华也慢慢倒向刺客一方，杀死了圣殿骑士，将水晶头骨归还了刺客...自己回到了英国成为了一名贵族...
刺客叛变（暂无PC）是承接刺客4的，黑旗最后由于转生圣者的原因，圣殿公司被毁，实验员在错乱的资料中发现了谢依的资料，一位曾经是刺客但是投向圣殿的人..古代是谢依在完成刺客任务时由于刺客自身的问题，造成了一个城市的毁灭，谢依为了阻止刺客的步伐偷走了书籍，成为了一名圣殿骑士，为了阻止刺客，不断地刺杀刺客...最终与海尔森在圣物所在地与其导师阿基里斯会面，最终刺客所有的追随者被杀，阿基里斯被海尔森打断了一条腿...谢依则走上了去往法国的道路刺杀了亚诺的父亲，开启了大革命的开端...现代实验员也因为研究谢依被迫要求加入圣殿骑士，否则死...
大革命的现代与叛变相同时代...是刺客组织获得资料之后的研究，古代则是父亲被杀的亚诺被圣殿骑士团大团长收养，与爱丽丝一起长大，在一次舞会中，被误认为杀手抓进了巴士底狱，见到了刺客的导师...在大革命开始之后两人携手逃出监狱，为了复仇，亚诺加入刺客，刺杀曾经杀死圣殿骑士大团长的杀手，在一次次刺杀过程中，不断地解锁秘密，获取了圣殿骑士最终的目标，圣剑以及圣书，在最后的争夺中夺去了圣剑以及圣书，杀死了圣殿骑士，但爱人爱丽丝也被杀...
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