法律分析：医疗事故鉴定是医学会组织鉴定专家进行医疗事故技术分析，鉴定内容主要是分析案件是否构成医疗事故；司法鉴定是由司法鉴定部门针对医疗纠纷案件是否存在过错以及病历资料真假而进行的鉴定。由于二者在鉴定程序、鉴定方式、鉴定内容方面存在差异，必然导致两种鉴定结论在诉讼中的“公信力”相差巨大，所以就二者之间的关系进行简单的论述和比较。所以，两者之间究竟哪个好没有一个绝对的结果，希望当事人在明确各方面利弊的情况下，作出取舍和选择，最大限度地维护自己的合法权益。
法律依据：《司法鉴定程序通则》第二条：司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。司法鉴定程序是指司法鉴定机构和司法鉴定人进行司法鉴定活动的方式、步骤以及相关规则的总称。
《医疗事故处理条例》第二十条：卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定;医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。