从
食管癌的发病分布和流行病学特征可以看出，食管癌受遗传因素的影响极大。美国NCCN指南（2014版）推荐进行食管癌的易感基因检测，检测内容包括RHBDF2、BLM、BRCA2、PALB2、CTHRC1、ASCC1、MSR1共七个基因。由于中国人与欧美人的食管癌组织类型和遗传特征存在差异，所需要检测的基因会有所不同，除以上NCCN指南推荐检测的七种基因外，还有与酒精代谢相关的基因及有毒物质代谢的基因如ALDH2、ADH1B、CYP2E1、GSTM1等。
RHBDF2基因突变 ：RHBDF2基因突变携带者易患食管癌、非表皮松懈掌跖角化
胼胝症等疾病。NCCN指南推荐家族成员中有患胼胝症的个体需要在20岁后进行上
消化道内镜检查和监控。
BLM基因突变 ：BLM基因突变纯合个体患
布鲁姆综合征，患食管癌风险升高。NCCN指南推荐20岁之后加强肿瘤进展监控。
BRCA2基因突变：导致范可尼贫血病的BRCA2基因突变纯合个体或缺失个体，患食管癌风险升高。NCCN指南推荐范可尼贫血病患者需要用
内窥镜等方法检查食管。
PALB2基因突变：导致范可尼贫血病的PALB2基因突变纯合个体或缺失个体，患食管癌风险升高
CTHRC1基因突变：CTHRC1基因突变携带者患
巴雷特食管，易导致食管
腺癌。
ASCC1基因突变：ASCC1基因突变携带者患巴雷特食管，易导致食管腺癌。
MSR1基因突变：MSR1基因突变携带者患巴雷特食管，易导致食管腺癌.
ADH1B、ALDH2基因突变：ADH1B基因无突变而ALDH2基因有突变的情况下，血液中容易积累
乙醛，导致患包括食管癌在内的上消化道肿瘤风险增高。
GSTM1基因突变：GSTM1基因缺失型个体患食管癌的风险是野生型的2倍。
C20orf54基因突变：C20orf54基因纯合突变者对于补充
核黄素预防食管癌效果较差，易患食管癌。
TP53基因多态性：CC型：受检者患食管癌风险是GG型的1.83倍，在同时伴有MDM2 GG基因型的情况下，患食管癌风险达到3.1倍。
MDM2基因多态性 GG型：受检者GG型是TT型患食管癌风险的1.49倍，同时伴有TP53高风险基因型的情况下，患食管癌风险达到3.1倍。
MMP2基因多态性：MMP2 -1306和-735两个位点的多态性与食管癌发病风险显著相关。MMP2 -1306 CC型个体患食管癌风险是CT或TT型的1.57倍，MMP2 -735 TT型患食管癌的风险是CC型的4.82倍。
STK15基因多态性：STK15基因的突变导致患食管癌的风险是野生型的2.2倍。
CYP2E1基因突变 GG型：受检者患食管癌风险是GC型和CC型的7.64倍。
PLCE1基因突变：PLCE1基因突变者，易导致食管
鳞癌。
备注：
(1)以上检测基因食管癌风险相关最重要的十六种基因，不排除其他频率较少的食管癌易 感基因存在突变的可能。
(2)中国人群食管癌病例中大约90%为鳞癌，10%为腺癌，以上检测基因与巴雷特食管相关的基因突变主要导致腺癌。