法律分析：法律规定医院的发票保留时间应当是五年。
开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。
因此，已开具的发票存根和已使用的“发票登记簿”不得擅自损毁，开具后的存根联应当按照顺序号装订成册。保管期限为五年，保存期满，报经税务机关查验后销毁。
法律依据：《医疗收费票据使用管理办法》 第六条 各级财政部门应当将医疗收费票据的印制、核发（领购）、保管、使用、核销、销毁、稽查及收费信息等纳入财政票据管理信息系统，实行全程跟踪监管，全面提高票据信息电子化管理水平。