康有为的哲学思想相当庞杂。他提出神秘主义的“元”为宇宙的本体。他说：“元为万物之本，人与天同本与元。”（《春秋董氏学》）
那么，“元”是什么呢？是物质还是精神呢？他曾说：“元者，气也。”（《中庸注》）这里，他把“元”与“气”相提并论，认为“浩浩元气，造起天地。”（《大同书》）。这具有古代朴素唯物论的因素。因为“气”在中国古代哲学中，一向是作为物质来认识的。而且康有为也主张过“气在理先”的唯物命题。他说：“凡物皆始于气。既有气，然后有理。生人生物者，气也”。又说：“朱子以理在气之前，其说非”（《万草堂口说》）。这样看来，康有为的自然观是唯物论了吗？否！他只具有一定的唯物主义因素，但并没有走向唯物主义，而是个唯心主义者。因为他的“元气”不是指物质，而是指精神。何以见得？请看他在《孟子微》中说：“元气、知气、精气，皆理之至”。这显然是把三气解释为精神性的了，看来他的“元”就神秘在精神了。可见，他是个唯心主义者。不过，他的唯心论思想也是庞杂的。他一方面宣扬客观唯心主义，另一方面他又宣扬主观唯心主义。他曾经说：“老子所谓道，婆罗门教所谓大梵天王，耶教所谓耶和华（华指上帝）近之，而不如言元称天之精也。”（《春秋笔削大义微言考》）这里，他把元统为天的精神，如同黑格尔的绝对精神，也就是道、大梵天王、耶稣和上帝等。可见，他的“元为万物之本”，也可视为一种客观唯心论。
康有为的主观唯心论，主要表现在“不忍人之心”上，这是他的哲学思想的核心。他的“元”与“理（精）”合一；体现在人类社会上，则是“不忍人之心”，意指人人皆有的仁心和善性。这“心”就是宇宙万物之本。他说：“不忍人之心，仁也，电也，以太也，人人皆有之，故谓人性皆善……人道之仁爱，人道之文明，人道之进化，至于太平大同，皆从此出。”（《孟子微》）这就是说，无论是自然界，人类社会，还是社会进化，社会文明，伦理道德等，都是“不忍人之心”派生的。这“不忍人之心”就是人人皆有的“仁”。这样，由“元”开始，经过“心”过渡到“仁”。也就是“以元为本”落脚到了“以仁为本”了。可见，“心”就是宇宙之本原，这与王阳明的“宇宙便是吾心，吾心便是宇宙”的主观唯心论有何两样呢？用康有为自己的话说：“天地我立，万化我出，宇宙在我。”（《戊戌轮舟中绝笔书及戊午跋后》）这不是主观唯心主义的心学论吗？！然而，他的“凡物皆始于气”却是正确的、唯物的。
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