利用晶簇：放在晶簇、晶洞中，利用品簇、晶洞释放之正磁场清除水晶的负能量，让它重新充电，放置时间约一晚左右即可。以紫色晶簇效果最好。大小只要能放进去你的手链就OK了。
若只是净化水晶，根本没必要买晶簇，以下提供方法
刚买来的水晶，由于水晶会记忆所有何它接触过的人事物，因此一块水晶原石可能保留了采矿工人，矿主，商人，搬运工人，零售商或雕磨师父等等的记忆，也许有些不好的记忆，甚至会影响到水晶拥有者，所以要净化，天然水晶一定要与水晶拥有者亲自帮它净化才有用，否则就白废力气，且也不要相信所谓的大师加持，他们都只会趁机坑你钱呢！
水晶戴久了，或是使用水晶疗法，容易吸引负性能量，所以也要做水晶的净化喔！也有人称消磁法！可以恢复原来的磁场。一般来讲净化时间约1个月一次就可以了！如果是用来治病的话，每星期就要净化一次。还有，当水晶摸起来有粘腻感，就记得要赶快净化了！
日光净化法：利用阳光直接照射，最好在早上到中午前左右的阳光是最适当，约2小时，如果不小心超过时间也没关系，但是一定要在日落前收回来。（紫晶和粉晶不宜！会褪色）
月光净化法：听说最好用满月时晒比较好（利用日、月之阴阳离子消磁法最好，既可消磁，又可增强水晶能量）。
泡盐水：要用海盐，也就是粗盐，用干净无污染的水去泡一晚，隔天再用干净的水冲干净，此法对于有金属或绳子的水晶来说，要少用，因为盐会侵蚀金属或绳子喔！干净的水可以选用一般的矿泉水或RO逆渗透或蒸馏水都可以。
亲近自然法：出游时，将水晶放在溪水中让它接近大自然，补充能量。
埋入土中：可以利用干净不会有污水流过的泥土，埋入约3－10天，因为土壤是具有生育的强力能力，而可以夺取毒素，并吹入巨大的能量；如果担心脏掉，可用植物纤维的布料予以包扎，再埋入土里。
埋入雪中：这也可以，只要是干净的雪，在大自然中的雨、雪、光、溪水等等，都可以让水晶净化。
天然水晶六角晶柱净化：六角晶柱他的尖端部份气场特别强，可以使用四根六角晶柱来作净化，也属于很有效的净化方式之一。首先，将四根六角晶柱的尖端朝内摆，四根分别摆饰方位，分别如东西南北这样的摆置，中间的位置则放置要净化的水晶，如此摆置一晚就可以了。
植物精油共振：采用与该水晶可以共振的植物精油，利用薰香瓶加热精油熏蒸（把水晶至于薰香瓶镂空盖上方2厘米左右处）水晶1小时，这是非常好的重新赋予宝石能量的方法。参见：水晶与植物精油的共振（一）、水晶与植物精油的共振（二）。
补充：
净化水晶的过程，虽然海盐效果奇佳，但正负能量一并消磁，海盐净化除必要性外尽量少用。比如用黑曜岩带右手常用来吸收身体排出的负能量、吸收病气，则用海盐净化比较合适；左手带黄水晶用来求财，则不该用海盐净化。
生病或情绪不佳时，会传递不佳的频率在水晶上，如果可以，最好暂时不戴水晶，当情绪好转或身体健康时赶快把水晶净化，免得较多的负能量与身体有过久的共振。
虽然有净化过，往家里某个位置一放，就经年累月不管了，常看到水晶上沾满了灰尘，甚而蜘蛛网，这中间若有过不愉快、吵架，保证频率会被水晶吸收且放大转换输出，本来偶尔吵架，买了水晶之后，变成常吵架，本来是应该善用水晶来改善家庭频率，水晶却变成负面的影响力，所以要每一个多月就净化一次。
家中的卧室应避免摆放水晶，除紫、白、粉三种水晶且尽量是呈水晶球或圆串珠，其余水晶不宜放在卧室。
黄水晶：属理智体，增强个人自信，聚财、主偏财运，常带给人意外之财,属财富水晶。有助于心境情绪平缓，教人按步就班的实际做法。强化肝肠胃及消化器官，尤治胃寒。
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