农业机械工程系前身为石河子农学院农机系，始建于1959年， 2001年大学进行院系调整，成立石河子大学机械电气工程学院农业机械教研室，2008年学院根据学科发展进行了系部调整，成立了农业机械工程系。
农业机械工程系现有教职工13人，其中教授3人，副教授5人；博士学历3人，占教师总数的20%，硕士学历10人，占教师比例的67%；硕士生导师6人，国务院特贴专家1人，校级“教学名师”1人，“263”骨干教师4个。2006年农业机械工程系所党支部被兵团、自治区评为先进基层党组织。农业机械工程系现拥有1个自治区重点学科“农业机械化工程”，1个一级学科硕士学位授权点，2个专业硕士授权领域，1个教育部工程研究中心，3个省部级实验测试中心，1门省级精品课程，7个专业研究室，教学科研仪器设备总值达到1200万元。主持完成的科研项目获省部级科技进步奖5项，教学成果奖2项。主持国家支撑计划项目3项、国家自然科学基金项目5项，国家农业成果转化2项，农业部和教育部项目5项，年均科研到位经费200万元以上。同时指导大学生在全国“挑战杯”科技作品竞赛中获全国一等奖1项,二等奖2项,三等奖4项。 机械工程系的历史可追溯到建院之初，2008年5月由机械电气工程学院的机械设计教研室、机械制造教研室、工程图学教研室合并成立；机械工程系设有1个本科专业和1个高职专业。2005获得机械设计及理论，机械制造及自动化两个硕士学位点。拥有机械原理、金相分析、机构创新等本科教学实验室7个；自治区级精品课程《工程制图》1门，兵团级精品课程《机械制造基础》1门、校级精品课程《机械设计基础》1门，校级一类课程《数控技术》、《机械制造工艺学》、《人机工程学》3门；校级教学团队《工程图学》1个。
机械工程系拥有专职教师24人，其中教授4人，副教授9人；取得硕士学位18人（含在读博士1人），取得博士学位4人；硕士生导师8人；“263”骨干教师11人。
主持863子课题2项，自然基金项目4项，国家科技支撑计划项目子课题2项，省部级项目5项，发表EI论文14篇，取得实用新型专利13个。获得兵团科技进步三等奖1项，农八师科技进步二等奖1项。机械工程系坚持以教学为中心，不断深化教学改革，近几年来承担各级各类教学改革项目30余项，多媒体课件制作项目20多项。获得自治区教学成果二等奖1项，校级教学成果一等奖2项，三等奖5项；获得全国多媒体课件大赛二等奖3项，三等奖2项，优秀奖2项。编著国家级规划教材4部，正式出版教材6部，校立教材12部。
机械工程系自成立以来，坚持以深入学习实践科学发展观为中心，积极进取，锐意创新，开展了丰富多彩的社会实践活动。 2003年石河子大学机械电气工程学院开始设置工业工程专业，并招收第一届本科生，经过五年的艰苦创业，办学条件逐步完善，教学科研水平稳步提高。为了适应学科发展，学院进行系部调整，于2008年在原动力车辆教研室的基础上成立了工业工程系，该系现有教师9人，其中，教授3人，副教授2人，讲师2人，助教2人，具有博士学位教师1人，硕士5人（其中1人在读）， “263”青年骨干教师1人。设有本科专业1个，拥有校级精品课程1门、一类课程1门、新专业资助建设课程1门，在校生150余人。
工业工程系以新兴学科工业工程为主干，以机械工程和管理科学为基础，以创新设计为重点，培养既具有坚实的工程技术基础又掌握现代管理方法的复合型高级管理人才 —— 工业工程师。工业工程系开设的工业工程专业下设机械工程、电气工程和管理工程三个方向。涉及的专业主干课程有：工程图学、工程力学、电工电子学、机械设计基础、机械制造基础、机械控制工程、运筹学、系统工程、人机工程学、可靠性工程、质量工程、工业工程基础、管理信息系统、设施规划与物流系统分析、生产计划与控制、宏微观经济学、管理学、计算机系列课程等。
工业工程系申请投入了近70万的工业工程实验室设备资金，改善了实践教学条件。同时，努力提高教学理论水平，主持或参加校级教学改革项目3项，获教学成果奖2项，指导SRP项目6项，发表教学论文10余篇。工业工程系全体教师积极承担科研项目，近三年主持或参加省级以上课题5项，校级课题6项，院级课题3项；在各级学术刊物上发表学术论文40多篇。
工业工程系在今后的发展中，将以加大人才引进力度，积极加强同国内高校的学术交流与合作，通过派送教师外出进修学习或挂职，并邀请天津大学管理学院、重庆大学机械工程学院等国内知名兄弟院校到该系开展学术交流，举办学术讲座，有力地促进该系的专业建设与学科发展。 石河子大学机械电气工程学院于1999年8月设立电气工程及其自动化专业。于2008年9月成立电气工程系，设有电力系统自动化和电气自动化2个教研室。设有农业电气化及自动化硕士点及电气工程及其自动化本科专业，毕业生就业率达到98%以上。
电气工程系现有教师14人，教授1人，副教授4人，硕士生导师2人，在读博士1人。获“263”青年骨干教师培养计划资助2人；一类课程3项，教学成果奖一等奖1项。主持国家自然科学基金项目1项，省部级科研项目2项，校级研究项目20余项。公开发表教研、科研论文50余篇，出版学术专著5部。
电气工程系现有实验室面积近近1000平米，拥有较完备的供教学与科研用基础性实验设备与装置，建有电工、电子、电机、自控、检测、单片机、PLC、电力系统自动化实验室，这些实验室为院内外各类学生、研究生的培养和各项科研工作的开展创造了良好的条件。同时承担劳动部中高级维修电工等职业资格证书的考核与鉴定。
不断加强与企业间的合作，与天富热电股份有限公司共建了实习基地，为专业人才的培养、职业资格鉴定、各项科研工作的开展创造了良好的条件。
