《北斗神拳》主要的主要剧情为：公元199X年，人类世界的最高首领因一己私欲发动战争，甚至愚蠢地按下毁灭世界的按钮。世界遭受核武器洗礼，山崩地裂，海水枯竭。部分人类虽侥幸存活，然地球上资源短缺，使得血腥纷争仍在继续。
世间传说“有北斗出现的地方，必现乱事”。身上有七处伤疤、北斗密宗神拳继承者健四郎孤独行走在干涸的大地上，寻找心爱的女人尤丽娅。一路上艰难险阻不断，各路强手如云，健四郎在宿命的引领下一次次穿越充斥血雨腥风的生死屠场的故事。
《北斗神拳》的创作内容以及彩蛋。
《北斗神拳》将中国传统医学和武侠传说中对于人体穴位的研究虚构成了一门神秘的暗杀拳法：点穴可以让人体从内部爆裂、说出实话、一段时间后再死亡等等。
剧中不少恶势力杂兵团的装扮风格和好莱坞电影《冲锋飞车队》颇为相似，而主角等人的装束及体格等方面皆与阿诺德·施瓦辛格亦有不少神似。健次郎使用很多绝招时有非常特别的表达方式：通常要以丹田发出一连串“啊哒哒哒哒”作为开头并以“喔哒”作为结尾，这是仿效香港武打影星李小龙的表演。
北斗神拳的剧情约略可分为两部分。动画“北斗神拳”为第一部，而动画“北斗神拳2”则是以第二部的天帝编及修罗之国编为基准。
西元199X年，世界受到核子武器的洗礼，人类的文明大都毁于一旦。不过，人类并没有因此而灭亡，少数人仍然残存了下来，活在这个沦为暴力统治的世界里。
TV动画第二部
十多年之后，又出现了乱世，又有人在兴风作浪，时代在召唤救世主。玲儿和巴托都已长大，健次郎在有一次打败恶人巴斯古，救下一个女人后与玲儿和巴托重逢了。
总督沙高是个不折不扣的坏人，他把天帝露儿控制在手中，以此要挟元斗皇拳的将军们为他做坏事，元斗皇拳的最强者法鲁哥被迫拦住了拳四郎的去路，并与健次郎决战。拳看到法鲁哥断了右腿，安装的是假肢，便自封右腿与法鲁哥公平作战，两人势均力敌，拳感觉到法鲁哥不是个坏人，在沙高认为两人已经两败俱伤、放箭杀他们的时候，拳替法鲁哥挡了一箭。
巴托等人找到了被囚禁的天帝露儿，发现她竟然和玲儿是亲姐妹，原来天帝只能有一个，在她们出生时玲儿就该被法鲁哥杀死，但法鲁哥不忍心，就将玲儿送到别人家了。天帝被救，法鲁哥和健次郎自然停止了战斗，但法鲁哥受伤很重，尽管如此，他还是轻而易举的将沙高这个败类解决了。在众人想喘口气时，有人发现玲儿不见了，原来玲儿被以前沙高的保镖带走，渡过世界上最后的一片海，去了修罗国。
修罗国是个非常恐怖的国家，那里是健次郎等所有人使用的拳法的发源地，修罗国的人崇尚武艺，只有强者才能在那个国家生存，而且采取闭关锁国的政策，对入侵者格杀勿论。沙高的保镖就是想让健次郎和法鲁哥到修罗国去，被那里的人杀死。
法鲁哥先行一步渡海了，健次郎也去了。在路上，健次郎认识了一个海盗船的船长赤鯱，并听他说了数年前他的所有手下被一个修罗国十几岁的少年杀死的事。
修罗国实在太强大了，健次郎刚到修罗国没多久，就看到了被人打倒的法鲁哥，他是被一个无名喽喽打倒的。健次郎向那个喽喽指出，如果不是法鲁哥跟健次郎的那一战受的重伤未愈，他是不会被打败的。正当拳准备收拾那个喽喽的时候，法鲁哥出手了，为了维护元斗皇拳的尊严，法鲁哥将那个喽喽杀死，但自己还是倒下了。
玲儿被带到了一个武道场，准备给比武的胜者做新娘，拳四郎一路前进，杀了不少小人物。一个叫鯱
的年轻人带走了玲儿，他想利用健次郎来打败修罗国的统治者。
原来统治修罗国的是三个罗将——第三罗将汉、第二罗将豹、第一罗将加奥，他们使用的是北斗琉拳。鯱将玲儿带到了汉的宫殿，拳也随后赶到。汉的拳法是疾风，没人能看清汉出拳的动作，这次他也遇到了劲敌健次郎，经过苦战，拳终于打败了汉，汉在临死前指出健次郎是不可能战胜豹的。
北斗琉拳的师傅十庆听说健次郎来到了修罗国，便回忆了一段往事：“为了建立修罗国的秩序，他将禁用的北斗琉拳传给了三个人，后来他们都迷失了本性，成为罗将统治这个国家。”而且十庆指出，北斗神拳与北斗琉拳是同宗拳法，都源自最强的北斗宗家之拳。而北斗琉拳是入了魔道的拳法，是可以让天神畏惧的拳。
豹天性善良，为了让他学好北斗琉拳，十庆将他的记忆封印了，原来豹是健次郎的亲哥哥。如今要想终结北斗琉拳，就必须解开豹的记忆封印。十庆前去做这件事，无奈已经年老，而且豹在幼年就被加奥做了手脚，记忆被加奥封住了。豹憎恨十庆背叛北斗琉拳，将师傅杀死。
健次郎来到了加奥的城堡，拉欧和道奇的大哥——加奥已经成为魔神了，把健次郎打得毫无还手之力，拳的无相转生也被加奥轻易破掉。后来赤鯱和鯱父子救了昏迷的拳，鯱带着拳遇到了加奥，快被杀死的时候，昏迷的拳背后突然出现了北斗宗家的象征——斗神珂拉的影子，加奥的斗气完全被这个影子盖过，鯱才得以救走拳。
加奥杀死自己的亲妹妹、也是豹的未婚妻——沙也加，嫁祸给健次郎，豹中计，发誓要报仇。健次郎苏醒，与豹决战。豹的北斗琉拳虽然不足以打败拳，但豹体内的北斗宗家血脉却惊醒了，背后也出现了斗神珂拉的影子。北斗宗家的力量是无穷无尽的，豹与拳两个传人决战下去会同归于尽，这正是加奥的阴谋。为了避免这个情况，鯱偷袭了豹，从背后打穿了豹的身体，鯱准备自尽向健次郎谢罪，却被豹拦住了。原来豹已经恢复了记忆，想起了拳是自己一直在等待的弟弟，也知道了加奥是杀死沙也加的人。豹和鯱的本性都非常善良，鯱那一击不是致命一击，豹没有死。
豹让健次郎到北斗宗家的庙里去，那里有北斗宗家奥义。加奥却抢先一步到了，为了保护玲儿和自己心爱的人，鯱舍命与加奥相拼，北斗宗家的亡灵附体在鯱身上，将加奥赶走，但鯱还是死了。
在一座神像面前，健次郎领悟了最强的北斗宗家奥义，看到了北斗神拳的创始人修杰坎坷凄苦的一生以及他的伟大遗言——北斗神拳的继承人必须解释爱，这是继承人的使命。
健次郎与加奥最终要决战了，加奥回忆了一段往事：自己的母亲为了保护北斗宗家继承人健次郎和豹而被火烧死。所以加奥恨透了北斗宗家，他要绝情绝义。健次郎则告诉他，他们是同宗的：“北斗神拳的创始人修杰和北斗琉拳的创始人龙王是表兄弟，他们的母亲在生下他们之后，族里的长老决定选龙王作为北斗的继承人，而修杰要被处死。龙王的母亲跳崖自尽，以死要求两个孩子都要活下去，长老感动，没有杀龙王，将修杰定为继承人。后来，修杰创了北斗神拳，龙王创了北斗琉拳，由于缺少母爱，北斗琉拳就容易成为魔拳，使人入魔道。”最终，健次郎打败了加奥。而身受重伤的豹拼死救下了玲儿，倒在加奥怀中（他早已将加奥当作大哥）。加奥也觉得对不起豹，他抱着豹，跳入了岩浆。
健次郎骑上黑王，踏上了新的无止境的旅程…… （全剧终）
北斗的继承者编
健次郎预祝帕德、琳儿两人的幸福后，便和他们分开了。接着去找寄养在友人处的拉欧之子--辽（リュウ），打算将他培养成北斗神拳的继承者，一同展开旅程。共同经历荒地开垦、三兄弟阋墙、巴南事件后，健次郎认为他没有东西能再教辽之后便独自离去，辽最后跟着原拉欧军的将领柏卢嘉（バルガ）等人一同生活，并立志超越父亲拉欧。
终章
回归独自一人旅行的健次郎，在旅途中失去了记忆。另一方面，原以为能够过著幸福快乐的日子的帕德和琳儿，帕德却认为琳儿是因为凯欧点她的“死环白”穴开眼后第一个看到他才会喜欢上他，认为这份爱不够真实便去除了琳儿的记忆，试图让琳儿回复最原始的记忆喜欢回健次郎。途中遇到了失去记忆的健次郎，帕德故意丢下两人独自离去。
这时之前健次郎的手下败将普勒纪（ボルゲ）要找健次郎复仇，帕德不想让失去记忆的健次郎受到影响而把自己装成健次郎，不敌普勒纪遭到虐待。后来健次郎与琳儿抵达现场，尚未完全恢复记忆的健次郎眼看就要死在普勒纪手下，帕德发出真情呐喊健次郎的名字使健次郎恢复记忆，打败普勒纪最后由帕德击杀。后来琳儿看见帕德温柔的眼神也跟着恢复记忆，但帕德伤势过重，说出希望健次郎和琳儿以后能过的幸福之言后，双眼慢慢的闭上了...。
原打算跟健次郎一起旅行的琳儿，最后认知自己应该爱的是谁，决定守帕德一辈子的墓后与健次郎告别。就要将帕德的遗体运至墓地时，才发现帕德未死，健次郎点了帕德的穴救活了他。最后的健次郎独自离开，向荒野中走去...（漫画故事在此完结）
