真实历史上的黄飞鸿，确实是岭南武术界的一代宗师，也是一位济世为怀、救死扶伤的名医。
一百多年前，黄飞鸿的谋生手段之一，就如现今一些武术爱好者一在他纪念馆前为游客表扬的两样技艺——武术以及醒狮子表演。当年的黄飞鸿，只不过是佛山街头一个默默无闻的卖艺人，比起电影中那英气逼人的黄飞鸿，历史上的他拥有的是对真实生活的无奈。
与号称“武术之乡”的沧州不一样，佛山武术兴起的背景是高度发达的商品经济。因为佛山地势平坦，没有天然险峻的屏障，为求自保几乎人人都有习武强身自卫的习惯。黄飞鸿就出生在这样一种武术氛围中。
黄飞鸿的父亲黄麒英虽然是“广东十虎”之一，但穷困潦倒。1847年黄飞鸿出生那天，黄麒英只能用卖艺换来的钱为妻子买来一只老母鸡。
为了不让儿子像自己一样天天风吹日晒为生计奔波，黄麒英有卖艺所得的积蓄把黄飞鸿送进了学堂，希望黄飞鸿苦读四书五经，他日考取功名光宗耀祖。可黄飞鸿对读书却没有什么兴趣，在他眼中，父亲的拳脚功夫、刀枪棒法无人能及，他梦想成为父亲那样的人行走江湖，所以经常逃学，跑到大街上看父亲武术表演。
黄麒英一气之下，暴打了黄飞鸿一顿，可黄飞鸿却边哭边说道：“爹，以后我跟你一起卖艺。”无奈的父亲只好摇了摇头，从此6岁的黄飞鸿开始跟从父亲习武，很快父亲就发现了黄飞鸿的习武天分，每招每式只要教一遍，黄飞鸿就会了，还能够融会贯通，把各种招式的优点结合起来，这让黄麒英欣喜不已。
12岁起，黄飞鸿就跟随父亲在佛山和广州一带四处卖艺，老百姓对少年黄飞鸿的兴趣远胜于成年人，黄飞鸿每一次演出都会吸引很多人。
16岁时，黄飞鸿觉得可以去闯荡江湖了，于是告别家乡，来到繁华的广州。当时广州旷工常常遭到资本家的欺负剥削，矿工们敢怒不敢言，听说了黄飞鸿后，就集体凑钱让他开了一家武馆，工人们忙时挖矿，闲暇下来就跟黄飞鸿学习无疑，黄飞鸿也成为南派武林中最年轻的武术教练。
闯荡6年的黄飞鸿，在父亲的一再催促下回家成亲。在家没待几年，又去了广州，这一次黄飞鸿如父亲所愿，走上了仕途，被广州水师聘为武术总教练，并担任广州将军衙门“靖大旗手”一职。
正当事业如日中天时，父亲黄麒英辞世，遭遇丧父之痛的黄飞鸿心生退意，辞了水师教练职务，在广州仁安街开设了一个跌打医馆“宝芝林”。名字取自两句诗：宝剑腾霄汉，芝花遍上林。
宝芝林开设之初，可谓门可罗雀。老百姓虽然世道黄飞鸿武功高强，但不知道他还跟父亲研究过中医，不太相信黄飞鸿的医术。所以很长一段时间，即使黄飞鸿免费，老百姓也宁愿花钱去正规医馆。直到黄飞鸿医好一个特殊身份的病人，局面才逐渐好转。
曾在中法战争中大败法军的黑骑军统帅刘永福仰慕黄飞鸿的侠名，一日有空来拜访，谈话间说自己得了一种骄疾，奇痒无比，求医无数也没治好。黄飞鸿听了，轻松地笑了笑，说：’如果将军信得过我，我可以医好你的脚疾。”
刘永福看着眼见这位有口皆碑的英雄好汉，抱着死马当活马医的心态，开玩笑似地对黄飞鸿说：“治好了算你的，治坏了算我的”。
结果，多年的脚疾真的被黄飞鸿治了，刘永福惊喜万分，连称黄飞鸿是华佗在世，赠送了一块写有“医艺精通”字样的木匾，自此“宝芝林”声名鹊起。
刘永福率领军队赴台湾抗击日军，已经是黑奇骏军医官、福字军技击总教练的黄飞鸿，再一次燃起报国的愿望，随刘永福率九营福字军抵台，驻守台南。刘永福战败后，黄飞鸿不得不再一次回到广州。
历经世事沧桑的黄飞鸿从此悬壶济世，退出武林，不在收徒弟，不再传授武艺，并在宝芝林前张榜：“武艺功夫，难以传授；千金不传，求师莫问。”
1924年8月，广州商团总长陈廉伯在英国的支持下，乘孙中山北伐之际在广州发动武装暴乱，黄飞鸿苦心经营数十年的宝芝林连同刘永福写给他的牌匾也毁于战火。黄飞鸿经不起这番沉重打击，忧郁成疾。
第二年4月17日病逝于广州城西方便医院，终年77岁。家徒四壁的后人无力安葬，对亏弟子邓秀琼出资相助，黄飞鸿才得以埋葬在白云山麓。
黄飞鸿一生一共结过四次婚，前三任妻子相继死去，唯一带点浪漫色彩的就是与第四任妻子莫桂兰的相识。黄飞鸿在一次武术表演中，所川布鞋不慎脱脚飞出，不偏不倚打中正在台下看表演的莫桂兰。
莫桂兰一气之下立即给黄飞鸿一巴掌。黄飞鸿茫然不解，忙问其故，莫桂兰怒道：“什么名拳师，表演如此不慎，将鞋打到别人头上，若是武器脱手，岂不伤及人命？"
黄飞鸿其时声誉正如日中天，今被少女当众羞辱，观众都捏了一把汗。谁知黄飞鸿竟微笑着说：‘姑娘所言甚是，我一时不慎，而姑娘以掌批我，亦是以惩我之过，万望姑娘息怒。”
回到宝芝林后，正值鳏居的黄飞鸿对莫桂兰念念不忘，四处打听，托人做媒，而莫桂兰虽然当众打了黄飞鸿，但其实对黄飞鸿为人很是钦佩，最终喜结良缘。
黄飞鸿的一生充满传奇，他12岁开始就在江湖闯荡，然后中青年身逢乱世，到了老年将自己的武术发扬光大。