工程进度款支付方式按合同中付款方式执行，主要有按月支付、按工程阶段支付、一次性支付等。以按月支付为例：主要流程为：施工单位在月初编制上月已完工程量清单及工程款支付申请表，交由监理进行审核，监理在接到以上表格14日内审核完毕并出具审核意见，交建设单位进行审核和支付，建设单位在收到监理书面通知后14日内向施工单位支付进度款，具体支付方式按合同执行，一般为以应付工程款为基数，扣除质保金比例、预付款比例以及已支付的措施费等部分后，实付施工单位，工程量变更或索赔等按合同约定执行或在竣工时一并结算。
《建设工程价款结算暂行办法》第十三条 工程进度款结算与支付应当符合下列规定： （一）工程进度款结算方式 1、按月结算与支付。即实行按月支付进度款，竣工后清算的办法。合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。 2、分段结算与支付。即当年开工、当年不能竣工的工程按照工程形象进度，划分不同阶段支付工程进度款。具体划分在合同中明确。